精彩博文

学术期刊的编辑们都是大忙人啊。随着发文量的日益增高，学术编辑们的工作量随之加大，他们一部分完成期刊运转内部的工作，一部分还要和现代科学家、临床医生打交道。那么，当你投出一份稿件时，对他们来说，意味着什么呢？ 三步成功大法： 对于一个稿件来说，3个至关重要的部分↓ Title Abstract Cover letter 后退一步，就是大踏步的向前！ 那你如何拟一个漂亮的title，写一份言简意赅又不失重点的abstract和cover letter呢？ 在你开始动手敲键盘的时候，回想一下，你的论文中最大的闪光点是什么？如果你的实验处理了一大堆不同的问题，或者结论不足以清晰完整，那么这个“回想”会让你绞尽脑汁的！ 是你研究方法很新颖？提出了一个很有见地的生物学问题？或许你运用了前所未有的大样本去证明一个假设？抓住以上这些！ 一个好的title具备什么呢？ 标题是对论文精华部分的压缩，力求精准、简练。把细节的部分放到摘要里边，当然也不能夸夸其词或有诱导性。 Abstract 编辑们会在摘要中勾画出如下几点↓ 这篇稿子和期刊主旨相符吗？ 这个标题为什么有意义呢？ 作者们提出了一些有用、新颖的观点么？ 整个研究是否合乎常理？ 结论足以被支撑？ 几笔带过实验研究的背景，突出这篇文章的需求性——举个栗子，解决了一个至今未解决的问题？运用了一个新的研究方法？ 然后，解释一下你的研究。没有必要事无巨细的将每一个实验都说出来，同时也要尽量避免太多的学术细节。但是要确保实验设计的重点，你的主要方法是什么？如果样本规模大或者意义重大的话，记得一定要提及。 最后，简单讲明主要结论。 在摘要中有一些事情也要尽量避免。读起来令人费解的清单（例如，基因名字或种类）、大量的技术细节都可以省去。没有必要去解释在引文中提到的这些引证。 Dear editor… 通常来讲，cover letter和abstract有些不一样，它不必像abstract那样解释出你做了什么，为什么你做的事情重要，但是cover letter需要吸引期刊编辑，而往往这位编辑可能并不十分熟悉你所研究的领域。 首先，千万不能从你的abstract中复制+粘贴。这是一个“推销”自己论文的绝佳机会。 其次，尽量简洁。把期刊的名字写对哟。在我们的旗舰刊Genome Biology上我们就经常遇到这种情况，作者们常常提及另一本期刊。这就给了我们一个信息，作者的稿件很有可能是被其他期刊拒掉的，并不想和我们讲这件事情反而弄巧成拙。同时，也会影响整体的速度因为我们需要再和作者确认是否真的要向我们投稿。 利用cover letter来向编辑们介绍下，你的论文是怎么符合期刊的scope。宏观的讲讲为什么你的论文话题重要又有趣？你或许可以提出近期在优质期刊上发表的论文来证明你的话题很有意义。 至关重要的，你应该把你论文中的gap解释清楚，这样编辑们就可以迅速抓住主旨。然后，简洁的写一写你的研究发现。最好是用列要点的方式，这样通常会比较有效。而且比起直句子更容易让人消化。 Sanity check 在你递交论文之前，可以把你的标题、摘要、投稿信丢给并不是很熟悉你的研究的同事看一眼。例如，你是人口遗传学家，那就问问研究斑马鱼的“那家伙”，看看TA是不是能秒懂你的要点。 Final thoughts 总结下来，退后一步仔细审视你的研究；精准；寻求“外援”。按照这个步骤，可以大大降低论文被“小瞧”的概率哟！

在正式开始翻译Elizabeth姐姐的稿件之前，小编有感而发说上两句哈，“拒稿？有神马了不起！我还会回来的！”（首先，要有这样一个心态）其次，饱吃饱喝一大顿，《太阳的后裔》看一看，或者Zootopia看一看，心情好啦，灵感就来了！ 当被拒稿之后，我的第一反应就是：“搞神马？编辑们难道没有看到我的论文有多么重要么？是不是疯掉了！” 用这个来形容我第一次被拒稿的经历真得一点都不夸张。 我想要做的是，立马向编辑们“开火”！幸运的是，我记得期刊Genome Biology的编辑Louisa Flintoft在一场BioMed Central的Roadshow里边就告诉过年轻的科研人员，当面对拒稿时，你要做的最重要的一件事，就是睡一大觉！ 她是对的，但是于我而言，好像快昏睡了一整个星期…… 冷静下来 对于那些你视为珍宝的东西收到了负面的评价简直就像在牙上钻个洞。随着一周慢慢的过去，最初的shock，否定转换为愤怒、沮丧然后慢慢平和下来，接受&释然。事实上，比较尴尬的是，我的这些情绪也正好是grief model经典案例的反映。 只有我渐渐平复下来，才可以和联合作者、同事们讲这件事，并讨论下一步要如何做。确实有一些办法的，这取决于是在哪种情况下拒稿的，同行评审之前还是之后？这就是为什么告诉你们千万别立即向编辑“喷火”，否则就真的一点回旋余地都没有了。 下一步咧？ 也许对于同行评审前就拒稿的情况来说，最常见的问题就是论文缺乏新意或者不符合期刊的标准。如果确实是编辑们看上去误会了一些事情，那么可以澄清，并且符合期刊remit的标准。 如果拒绝的原因不是以上怎么办呢？还有别的理性诉求的办法么？可能吧！编辑和同行评审人也是有血有肉的人啦，如果确实他们忽视了一些事情，并且你也有理有据，那么当然可以重新申诉了。 但是，重新再申诉需要的是理性而不是情感。也有一些理由编辑们不再接受申诉，比如，整个实验有缺陷，打破了期刊编辑策略，或者针对人类的实验没有伦理认可等等。这就是为什么需要未雨绸缪。 申诉 当你写信给编辑的时候，清晰、有据的阐述你不同意拒稿的原因。编辑们是负责的，如果该期刊属于COPE（the Committee on Publication Ethics）的一员，那么他们会重新考虑你的申诉。 如果理由充分，编辑们会重新考虑论文的。但是如果在一番讨论之后，编辑们的意见没有变化，那么请泰然处之，这就是最后的决定了，好像编辑本身也有一个比较好的回绝理由。一些编辑们也会犯错误，但是你不必和他们争辩啦，去找另外一本期刊好了。如果你是生态学和进化学领域的，可能你想要试试其他实验方法，像Axios Review或者Peerage of Science. 我正在为我的被拒论文收集数据，让我们拭目以待！吼吼吼~

基因测序可以让医生将患者的基因信息考虑到疾病风险预测、诊断和用药方面从而提高对患者的治疗。 对精准医药来说就需要患者精确的遗传密码。在我们发表于期刊Genome Medicine的研究中，我们就调查了目前所知的与医疗相关的基因DNA测序结果。 我们的调查建构在由US National Institute of Standards and Technology (NIST)开发的基因测序黄金标准。NIST团队将5种不同基因测序技术结果综合起来，去了解基因的“高精密”区域。这些区域包含人体77%的基因。 医学基因 我们研究了这个高精密区域的56种重叠基因，American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)认为这些是与医学行为有关的。这些基因同时也是可用于医疗，所以ACMG建议提供者在可能的时候向患者报告这些基因信息。 例如，在ACMG名单上的BRCA2就和遗传性乳腺癌、软巢癌有关。如果在患者的基因测序中发现了BRCA2突变，ACMG则建议相关医疗团队适时向患者通知，以便采取乳房切除手术或其他干预措施。 对于BRCA2和其他的基因信息揭示了临床基因测序的益处。然而，如果出现差错则可能导致不必要的干预。因此，获得精确的“活动”基因的测序信息就尤为重要了。 我们发现了什么？ 我们的研究发现，在ACMG基因高精密度区域里只有82%的蛋白质编码区。剩下的18%，现今的技术是达不到的。 当然，这56种基因仅代表医学基因的一部分。那么，我们还检测了一个更大的、3300个与人类疾病有关的基因库。这其中593种基因的蛋白质编码区不到一半落在了高密区域里。 基于更详尽的调查，相比于价值并不是那么高的低精密区，高精密区域貌似包含更多唯一的且不重复的序列。 前路漫漫 根据我们的研究，我们更加了解了基因的“挑战”部分。事实上，这么做有助于激发新的基因测序技术和分析方法。 更进一步，社区平台的规范科学（例如，食品药监局、政府等）可以让我们分享软件和基因数据库，这对于评估和提高基因测序的精准性至关重要。 我们的分析倚重于5种基因测序技术的标准。实践上，基因测序的方法有很多种，每一种都在成本、时间、类型、错误率上权衡。

绘制寨卡病毒目前的疫区能够让我们发现问题以便更好的进行监管。这篇博文的作者是一位绘图专家，来看一看他的分析。 你从事的工作具体做什么？ 我绘制传染病以及病毒体的传播地区。目前在Malaria Atlas项目中工作，这个项目主要关注疟疾的全球传播以及全球干预手段的变化。 近日，我正在关注非洲埃博拉和中国的流行性感冒，我们通过快速绘制的方法来处理紧急情况。这就意味着当一种新的病原爆发时，我们能够快速找到它的疫区，根据温度、雨量和习惯来判断可能的昆虫媒介生存和繁衍。 如何运用这些地图？ 最大的用处就是可以显示出问题在哪，从而进行有效监管。地图绘制也可以提醒旅行者，让他们在到达目的地之前多加防护。 假设一个病毒可以通过飞机上的乘客来传播到全世界，我们可以显示出世界上所有感染的地区，因为它们是环境相适应的。 你有在画寨卡病毒的地图么？ 是的。我们正在努力为寨卡病毒绘制一个世界地图。在过去的与病毒相关的登革热和基孔肯雅病中，我们也做过了类似的工作，所以我们完全可以胜任寨卡病毒的绘制。 下一个流行病是什么对我们而言容易预测出来么？ 我们能确定的仅仅是一定会发生。直到2014年年中，寨卡病毒与病毒相关性只有10%，像我们这种临床外行也仅仅是在附录中可以查到这种病毒，大部分都没有听说过。它通常情况来说并不是一种新的bugs的出现，而是一种许多已知事物的融合，在不同的地区莫名其妙的就爆发开来。 对于那些告诉我能预测下一个传染病是什么的人，我深表怀疑。这并不意味着科学就此垮掉了，我们知道有一些地方可能是有一些征兆的，所以这就像是一个长期的气候预测。 我们能说的是，有一些地区是比较高危的，但是你要是说，这种传染病会在某时某地开始，这可能是无稽之谈。 我们对传染病的应对怎样才算行之有效？ 这个问题确实比较难回答。如果我是公共健康专家或者政客，投了一大笔钱发现传染病仍然控制不了，那我可能会被指责乱花钱。如果我不去投钱治理，也有可能被公众批评。关键是我们如何真诚的把人们纳入考虑因素。 我们需要尽早对传染病的爆发做出回应，而且我认为地球上大部分人们是希望健康政策可以对此事有所回应。维持此类应急事件的开支又是另一个挑战。 对众多不确定性，我们怎样做好准备？ 就我所做的而言，我们需要把系统处理好，一旦紧急情况发生，我们可以第一时间获取所需。这就意味着尽可能快的调动人们，保持地图的更新。 最大的问题是，我们不在疫区而怎样保持我们最快的应急反应。比较棘手的是病毒反应和日常的医疗护理混为一谈，这样他们就会认为是占用彼此资源。 如果我们可以将这些应急调配也运用到日常的工作中，可能就会变得更为持久。 是什么让你投身到此事中来？ 一定会有种机制让人们可以快速有效公开的传播信息。我虽然不是前线的医生，但随着时间的推移发现官僚作风对于应急机制的建立与运行是一个障碍，从病原体基因组到患者数据。 我认为建立这种流水线的应急机制可以让我们更好的处理危机。