2016年度最佳：Genome Biology精选文章

随着2016年即将结束，Genome Biology期刊编辑Dominique Morneau聚焦过去一年中编辑们最喜爱的几篇文章，包括那些受到频繁访问、广泛分享、高度称赞以及充分讨论的文章。

Genome Biology非常高兴在2016年发表了若干高质量的研究文章。本列表仅突出了几篇今年发表的编辑们最喜爱的文章。我们毫不怀疑，在未来将会出现大量的伟大研究。

进化基因组学

借助豹基因组的组装，我们了解到人如其食。比较食草动物、食肉动物和杂食动物的基因组，显示出与饮食特化相关的独特基因组变化。

亚洲长角天牛基因组揭示了甲虫的成功进化，在此种情况下由基因的扩增和功能分化引起，该基因用途在于以真菌和细菌起源植物为食。

我们还从研究人员研究尼安德特人的OAS基因座中得到了对于先天性免疫应答演变的一些见解。结果证明，基因从尼安德特人渗入人类中可能影响了人类的免疫力。

表观基因组学

英国研究人员调查了选择性甲基化，为我们提供了首例体内5-甲酰基胞嘧啶图谱。这种甲基化标记与参与组织发育的增强子有关。

我们还得到了在癌症中普遍获得加速的表观遗传学时钟，该时钟显示了细胞的表观遗传学年龄与癌症风险之间的相关性。

在《血脂影响循环细胞的DNA甲基化》一文中，我们了解到DNA甲基化的改变可作为疾病相关表型的结果发生。

技术进步

我们见证了一种用于单细胞芯片条码的高敏度、低成本的更新方法。该方法被用来检测细胞周期进程期间的基因表达变化。

我们还得到了一种用于压缩基因组信息的方法，该方法缩小基因组信息以进行大规模、交叉数据集的比对，能够用于快速的系统发生构建，选择适当的参考基因组用于读序映射，以及鉴别低质量样品。

浏览主流基因组学期刊中的出版物发现，五分之一的论文出现基因名称错误，从而促使世界各地的编辑和研究人员考虑使用Microsoft Excel用于基因列表的缺点。这是我们2016年受到谈论最多的文章之一！

植物基因组学

在《DNA甲基化在被子植物中的普遍自然变异》一文中，揭示了34种不同被子植物物种之中DNA甲基化的大量变异。

多伦多大学的研究人员使用一种有趣的方法来鉴定在植物先天性免疫中使用的全新受体，首先使用基因组筛选以找到病原体效应物，然后进行反向遗传筛选以找到宿主植物中的同源免疫受体。

一种使用突变染色体测序的快速基因分离新方法能够降低小麦和大麦大基因组的复杂性，为我们找到与特定性状相关的基因提供了机会。

疾病基因组学

我们还发现粪便菌群的可遗传部分与人类的内脏脂肪有关。特别是，影响菌群中某些物种丰度的三种人类基因指出了这些基因在介导粪便菌群和肥胖之间联系中的潜在作用。

中国研究人员发现了一种在结直肠癌细胞中具有抗癌作用的阿司匹林诱导的lncRNA介导通路，揭示了使用阿司匹林的化疗保护机制。

基因调控分析发现了罕见和常见癫痫之间的遗传重叠，提示了用于治疗癫痫的潜在全新治疗靶点。

Hi-C分析和GWAS的整合提供了对复杂病症的全新见解，发现了炎症性肠病发病机理中的一些新型候选基因、通路和调节子。