Genome Medicine一周更新

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单细胞TCRseq: 根据单细胞RNAseq，成对复原T细胞受体中的全部T细胞α及β链转录物

T细胞受体(TCR)α及β链谱型的准确表征对于理解适应性免疫而言至关重要。这种表征在诸如疫苗开发及反应、癌症的克隆跟踪以及免疫疗法等领域中应用广泛。本文中我们提出了一种被称为单细胞TCRseq (scTCRseq)的新方法，该方法用于根据成对末端单细胞RNA测序的读取结果，对全长重排的V(D)J T细胞受体序列进行确认和组装。通过该方法可以对每个单独的T细胞进行V(D)J重排的准确确认，该方法还具有复原成对α及β段的新功能。源代码请参见https://github.com/ElementoLab/scTCRseq。

肿瘤谱分析方法的影响以及用于癌症精准医疗的基因组数据策略

临床肿瘤谱分析方法的多样性（从使用少部分到使用整个外显子组，采用匹配的或不匹配的种系分析）可能会导致其优势和可靠性的不确定性，特别是考虑到，在仅针对肿瘤的谱分析中报道的种系假阳性以及对全局突变及/或新抗原数据的使用。本研究的目的在于，确定基因组分析策略在不同背景和起源下对错误率和数据解读的影响。