上周，来自中国、荷兰、英国和美国的同事们在北京欢聚一堂共庆国际开放获取周。此次庆祝活动以BioMed Central举办的Springer Nature Open Research Day开始，随之进行的是一系列指导青年科研人员发表科技论文的培训讲座。 开放研究日 在北京，BioMed Central以科学出版、同行评审与创新为题举办了Open Research Day主题活动，助力国际开放获取周。BioMed Central 期刊发展编辑余昆对当天活动进行了总结。 15年来，开放获取运动取得了巨大的进步。在第一个强制开放获取政策推出以后，中国科研界对开放获取的接受度与日俱增。 引用Springer Nature首席执行官Derk Haank的话：“开放获取已不再是一个试验，而是一个事实。” 怎样发表论文 在上周接下来的时间里，BioMed Central的同事们来到了北京、沈阳和武汉等地的医院，向青年医学研究人员介绍如何进行科技论文的写作与发表。 我们向作者强调，在选择期刊投稿之前必须检查相关期刊的质量（即 “think, check, submit”流程），并确保自己的论文在各方面符合科技论文的发表准则。 我们还讨论了编辑们需要什么样的稿件，指出稿件必须和期刊的目标范围及选择标准相契合。此外，完整清晰的投稿信和摘要以及对编辑政策的严格遵守也同样重要。 对于同行评审过程中易出现的问题，我们也进行了分析。例如，怎样在一开头就通过同意作者贡献比例而使文章来源争议最小化、声明利益冲突的时候需要考虑些什么、怎样有效的回复评审人意见等等。 就如何通过参与同行评审而提高自身写作能力方面，科研人员表现出极大的兴趣。 年轻科研人员之所以通常不在编辑们的考虑范围之内，主要是因为他们的出版经验并不像其他同行评审人那么丰富。但是，他们却往往能给出最有建设性的评审意见。资深研究人员可以指导其学生参与同行评审的过程，只要让编辑知晓、保证机密性并客观承认他们在同行评审过程中的贡献。 出版伦理委员会已经推出了对同行评审人的指导意见，BioMed Central的副编辑总监Jigisha Patel 也写过一系列关于如何成为同行评审人的文章。 研究独创性 在Open Research Day上发言的李敏教授，以及前不久在博客上就如何培养青年科研人员发表博文的黎孟枫教授共同强调：“所有的科研人员都要选择最好的主题去研究”。屠呦呦因为其在提取青蒿素作为治疗疟疾的手段方面所作的贡献而获得诺贝尔奖，这就是最好的例证。 就像薛澜教授在Nature News的一则评论中所说：“屠呦呦没有国外研究背景，也没有在主流出版物上发表大量文章……她可以夺得诺奖一个重要的原因就是原创性。对中国科学家来说，这是一个值得借鉴的好榜样。” 感谢所有参与讨论的人以及Diane Wang在北京的团队，让我拥有了这样美好的一周。 English version available… 阅读更多 »
随着互联网科技的迅猛发展，世界变得越来越透明化，科学界又何尝不是如此。越来越多的科学家、研究人员希望他们的科研论文可以拥有更广泛的读者群，尤其是被他们全球的同事、同行所看到而不受订阅门槛的限制。毋庸置疑，开放获取是解决此问题的好方法。 作为国际开放获取周的一部分，施普林格·自然开放研究日于10月20日在京召开。施普林格·自然集团首席执行官德克·汉克（Derk Haank）、大中华区总裁刘珺专程前来参会并致欢迎词，再次重申了施普林格·自然对开放获取的承诺。 随后，来自BioMed Central和Nature Publishing Group的多位资深编辑就学术出版的方方面面发表了不同的讲话，例如，怎样辨别期刊的质量；怎样在优质期刊上发表有影响力的文章；以及科研结果重现性的重要意义和出版伦理等。 前中国科学院国家科学图书馆馆长张晓林就开放获取出版在中国的发展做了详尽的演讲。他引用了李克强总理在全球研究理事会2014年北京大会上的讲话来强调中国政府强力支持知识共享，“知识是天下公器，打造更加开放的平台，才能让每一个人都能分享科学知识的营养，实现普惠发展、包容发展……中国支持建立公共财政资助的科学知识开放获取机制……”。 与此同时，他指出由国家自然科学基金委和中国科学院分别部署的两个强制开放获取政策，公众可以无障碍的阅读和非商业使用由这两个资助机构所资助发表的论文。此外，张晓林博士也和我们分享了他对开放获取在中国未来的希冀。 他希望其他资助机构，如教育部、科技部、及中国的大学可以实施强制开放获取政策来支持资助科研人员与公众分享他们的科研成果。 另外，期刊BMC Medicine 主编Sabina Alam博士主持了关于基础研究与医学研究相结合的小组讨论，协和医院的杜斌博士、中国医学科学院肿瘤医院的乔友林博士、中国科学院自动化所的蒋田仔博士共同参与讨论。 众所周知，基础研究员的研究与临床医生的实践相结合在医学领域有着重要的意义。怎样提高这一结合的效率和影响力是整个医学研究领域需要解决的问题。 这三位科研人员对此话题进行了透彻的讨论并得出一致结论，双方的有效沟通和信息共享是推动基础研究和临床实践相结合的一个有效途径。 本次会议以BioMed Central编辑总监Caroline Black的闭幕词结束。能参加此次会议以及开放获取运动使我倍感荣幸。我期待通过开放研究，开放获取文章，开放数据和合作机会来拥抱未来的科研界。 本文作者：余昆 BioMed Central期刊发展编辑 English version available here.
话题之一：耐药性 话题之二：气候变化 话题之三：癌症 话题之四：人口老龄化 话题之五：流行病 人类的历史就是一部对抗种种疾病的奋斗史。从古至今，人类就不断挑战反反复复出现的各种感染病、慢性病和遗传疾病。 如果想要为未来流行病研究打算，我们就需要了解先前的林林总总。在此，你可以了解关于流行病研究的过去、现在和将来。 先来看一看流行病学的Timeline 采访：预测流行病学 期刊Theoretical Biology and Medical Modelling的主编Hiroshi Nishiura,讨论了目前最大的流行病是什么，下一个流行病将从哪里来以及我们怎么应对它。 博文精选 The MERS outbreak: an Asian perspective War against hepatitis HIV Vaccine Awareness Day 2015 Hepatitis and the Sustainable Development Goals: time for an end run 流行病研究优质文章：按疾病划分↓ 埃博拉病毒 Theoretical perspectives on the infectiousness of Ebola virus disease Molecular evidence of… 阅读更多 »
话题之一：耐药性 话题之二：气候变化 话题之三：癌症 话题之四：人口老龄化 话题之五：流行病 我们生存的地球是一个快速老龄化的地方，到2050年全球60岁以上的人口比例将翻倍。事实上，随着越来越多的人生存的越来越久，这就导致了疾病流行病学问题的凸显，对于科学界来说无疑是一个挑战。 为了配合生物周活动，我们精选了一系列关于人口老龄化的优质文章。如下↓ 主编圆桌讨论：神经退行性变研究的过去、现在和将来 在这个圆桌讨论里，来自Molecular Neurodegeneration和Alzheimer’s Research & Thearapy 的两位主编，对神经退行性变研究的发展脉络进行了梳理，并浅谈了他们对此研究未来的设想。 博文精选：阿尔茨海默症肆虐，我们应如何面对？ 小测试：你真的了解阿尔茨海默症么？ 阅读关于老龄化和增龄性障碍的热门文章 随着年龄的增长，生物系统的功能性逐渐退化，患物理和精神健康疾病的风险剧增。在这部分，我们精选了杰出的实验研究，它们能让我们更好的理解老龄化的过程以及增龄性障碍。 Slower immune system aging in women versus men in the Japanese population Induction of a common microglia gene expression signature by aging and neurodegenerative conditions: a co-expression meta-analysis Alpha-lipoic acid treatment is neurorestorative and promotes functional recovery… 阅读更多 »
话题之一：耐药性 话题之二：气候变化 话题之三：癌症 话题之四：人口老龄化 话题之五：流行病 癌症是一个比较综合类的疾病。癌症的魔爪不分性别、年龄、种族或是社会经济背景的差异伸向各类人群之中。 癌症不只是迅速分裂细胞，而是一个能让世界范围内超过八百万人死亡的主要原因。 在此，我们提出一些有建设性的讨论，由资深的癌症研究专家与我们分享他们在运用科学和技术进行抗癌研究的洞悉。 先来个小测，你真的了解癌症么？ 期刊主编与BioMed Central编辑的超级Q&A 在这个部分，我们推出期刊Cancer Cell International、Clinical Proteomics、Vascular Cell三位主编与BioMed Central编辑们的精彩问答。这三位主编分别从科技与癌症、中美癌症研究比较、以及科学联合与癌症研究等几个方面谈了谈他们个人的观点。 精彩文章集锦 Relevance of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer Constitutive phosphorylated STAT3-associated gene signature is predictive for trastuzumab resistance in primary HER2-positive breast cancer New horizons in tumor microenvironment biology: challenges and opportunities Characterization of interaction of magnetic… 阅读更多 »
话题之一：耐药性 话题之二：气候变化 话题之三：癌症 话题之四：人口老龄化 话题之五：流行病 气候变化是我们当今面临的一个比较棘手的问题。它导致了大规模自然灾害的频发、海平面的上升和不同生态群落的营养瓦解。 今天，我们着重强调了气候变化的全球影响，就我们目前面临的挑战，为大家提供一个更广阔的视角。 博文推荐： Reversing climate change: planetary engineering and experimental technologies 气候变化是一个全球性挑战，然而就有这么一小波群体致力于节能减排。在这篇博文里，我们看一看这些节能减排的技术，以及他们是怎样逆转人为的气候变化。 The difference of half a degree for climate change 这篇博文里的主要作者来自政府间气候变化专门委员会（IPCC），他表明，气温增长值的官方目标应该从2摄氏度下调至1.5摄氏度，但是这半摄氏度真的会发挥作用吗？ 气候变化交互图谱 看我们的气候变化地图，发现全球针对气候变化所开展的活动和研究。 阅读时下最热的有关气候变化的文章 Beyond long-term averages: making biological sense of a rapidly changing world 5°C or 2°C: a conduit’s view from the science-policy interface at COP20 in Lima,… 阅读更多 »
话题之一：耐药性 话题之二：气候变化 话题之三：癌症 话题之四：人口老龄化 话题之五：流行病 我们生活在这样的一个世界里，所有的事情似乎都理所当然。例如，如何攻克大多数传染病？一个药片就可以办得到。然而，很多事情并非我们想象的那样简单。耐药性的出现将我们带回了一个未知的世界，就连最小的感染，都可能束手无策。 今天，我们精选出一系列关于耐药性的优质文章，听一听奋战在一线的感染控制医护是怎样处理这一危机的，同时也为你准备了一个小小的测试，关于耐药性，你真的了解吗？ 博文推荐：“奋战在前线” 如下精选的博文，大部分来自控制感染的一线医护工作者，看一看他们是如何处理这一危机的吧。 Antimicrobial resistance: still widely misunderstood MRSA: adapted to survive and thrive Inter-clonal wars: bacterial competition and global success in the hospital setting What would we do without antibiotics? State of the World’s antibiotics Dispatches: Pan-drug-resistant doom – are we there yet? Reflections from the front line:… 阅读更多 »
长颈鹿是用脖子来“神交”，还是像我们一样通过声音来交流呢？这一直是个比较复杂的问题。发表在BMC Research Notes 上的一篇论文为我们找到了他们发声的有力证据，通过humming! Christopher Foote 2015年9月10日 图片来自：Roland H. via Flickr, Creative Commons 2.0 长颈鹿的声音 狮子吼，狗狗吠，大象“吹喇叭”，那长颈鹿呢？来自维也纳大学的Angela Stoeger和同事们对长颈鹿的发声做了研究。这是我们对长颈鹿发生交流知识集合，鲜为人知。 毫无疑问，相比其他哺乳动物，长颈鹿算是比较“文静”的了，就像你在公园里或者野外看到的他们一样。事实上，之前就有猜想，长颈鹿那“招牌性”的长脖子让物理发声几乎不可能，因为这段距离很难使肺部出来的气流维持发声所需的量。 也有一些论断，但是并不是很成熟，长颈鹿也确实用声音交流。也有一些对应的拟声词。 最近的研究发现，相比我们通常看到的没有联系的松散长颈鹿群，其实他们有一个很强大的社交网。拥有类似于这种社交网的其他物种有大象和水牛什么的，很显然他们都是很擅长声音沟通的，这种声音交流也被视为维系群里关联的重要因素。 很显然，要解决这个问题需要彻底的调查长颈鹿的发声，就是系统的发现能够代表沟通类型的发声模式。这刚好是Stoeger博士和她的团队所做的研究，结果就发表在我们的期刊BMC Research Notes上。 长颈鹿录音带 研究者收集了来自柏林、哥本哈根和维亚纳三个动物园的长颈鹿数据。上百个小时的长颈鹿声音文件，大多数都是在夜晚的室内录制的，当然也包括白天室外的部分。Stoeger博士的团队分析了这些数据，寻找最有可能代表沟通方式的声音结构。 大多数的录音文件没有显现出来发生类型。就像研究者在他们的报告中写出的那样：“研究长颈鹿的语音交流是个非常耗时、枯燥和极具挑战的工作。” 尽管枯燥，但是结果仍然值得期待。在数以百计的录音资料中，研究者发现一小部分声音类型的例证，这是基于声音结构的，很可能就作用于长颈鹿之间的交流。 这个声音类型在这三个动物园中被录制了65次，是一种低声呻吟并伴有强烈的谐振节奏，这在科学文献中是从来没有记载的。更显著的是，这个humming的发声只在夜晚录制，那些长颈鹿饲养员们从来没有听过。 图片来自：John Storr, Public Domain Humming的意义 如果这个humming的目的就是沟通，那么他们是在向同伴发出怎样的信号呢？在这一问题上，科研人员只能推测了，尤其是他们不能决定哪只鹿发出的声音，或者另外提供关于他们在humming时的行为的一些数据。 然而他们发现，这个humming的声音只有在晚上，这些鹿群们被赶回各自的小窝里时才会有。这个有可能就表明这些声音是当他们不能在看见彼此时继续保持联络的方式。这也可以解释为什么他们在白天的时候保持安静，因为他们用看的就可以定位彼此。 当然，科研人员也强调，这仅仅是揭开长颈鹿交流之谜的第一步。他们在总结报告的时候也表达了这个有吸引力的发现可以激发更多人加入到长颈鹿发声的研究中，然而还表明了尤其是开展对野外长颈鹿实验的困难性。 有一个解决方法就是制造一个自动检测（或探测）系统，可以连接声音和视屏录制的。基于此呢，Stoeger团队近期也发表了一篇关于制造针对大象的自动声音探测系统的研究，也许他们还真是适合做这份工作咧~ English version available here.
2015年8月14日至8月17日，中国遗传学研究者齐聚美丽的西南春城昆明。BioMed Central期刊合作编辑余昆和培训主管徐白露在此写下了他们的参会经历，与大家分享。 期刊合作编辑余昆 培训主管徐白露 在滇池之边，600多位遗传学者参加了这个每2-3年举办一次的盛会。 大会以“遗传多样性：前沿与挑战”为主旨，吸引了很多中国顶尖的遗传学家。 遗传学研究的最新成果 在为期三天的会议中，科学家们提出并讨论了遗传学研究的最新进展。作为大会邀请发言人，来自上海交通大学的贺林院士为大家带来了题为“新医学主导下的抽象生物体研究”的演讲。贺林院士提到精神病学研究时代的到来，并指出心理问题已经成为现代人中不可忽视的议题。 另外，他着重强调遗传学在研究心理疾病中的重要性。在贺院士的最后发言中，他为观众们带来了一个名为“新医学”的全新概念，这一概念将传统医学、基因组学和遗传咨询结合到一起。他认为这一结合会将医学研究带入一个新的时代。 另一位主要发言人，来自清华大学的陈国强教授进行了题为“嗜盐微生物生态产业”的大会主题报告，强调了基因表达调控在利用生物合成手段提高重要合成树脂PHA产率中发挥的重要作用。 为人类的未来创造可持续环境，陈教授呼吁进行更多合成生物学方面的实验并希望人们在未来能够应用这个更环境友好型的方法去为全社会制造出更多有用的化学品。 BioMed Central展台讨论 除了这些有趣的讲演，不同学科的科学家也带来了精彩的科学发现。在提高林可霉素的生物合成产率方面，上海交通大学的微生物遗传学教授白林泉发表演讲，揭开了硝酸盐在其中作用的神秘面纱。 演讲结束后，白教授来到BioMed Central展台和我们一起分享他对于科学出版的看法以及自己的研究领域。他强调了开放获取出版模式在科研中的重要性并表扬了BioMed Central的几本微生物学期刊，例如，Microbial Cell Factories 和 BMC Microbiology。对微生物学的未来发展趋势，他指出，通过微生物学进行药物发现在未来会有很大的探索空间。 在植物遗传学分会场，来自南京农业大学的资深棉花科学家张天真教授做了题为“四倍体棉花的驯化与A 和D 亚组染色体的不对称进化”的演讲。演讲内容主要关于四倍体棉花的培养，这是他今年初在BioMed Central期刊Genome Biology（影响因子10.8）上所发表成果的后续研究。 张教授也来到了BioMed Central的展台，并和我们分享了他对科学出版的看法。他指出，在科学出版中伦理的重要性，以及强调了绝大多数中国科研工作者都很重视这个问题。 此外，他强调了出版速度是科学期刊的核心竞争力，并肯定了开放获取出版模式为作者建立了从投稿到发表的快速通道。 针对基因诊断和基因编辑的伦理问题，华大基因的杨焕明院士进行了“国内外对基因编辑的态度”的演讲，阐明了伦理问题在基因研究中的重要性。 他强调了道德伦理并不是和科研唱反调。相反，伦理研究应该支持科学的发展，进而使科学家在科研工作中对伦理问题更加重视起来。 基因测序的未来 会议在一系列关于未来遗传学和基因组研究的主题演讲中结束。从人类基因组计划到构建生命之树，杨焕明院士分享了他在过去20年里进行尖端研究的宝贵经验。 随着测序在生物学和医学研究方面已成为常用的重要手段，希望对包括人类在内的任何生物体进行基因测序的梦想仍激励着广大科学家在基因科学领域不断创新。 测序的未来不仅仅只是理解基因组，而是要通过这项技术提高生命的质量，改进并推动整个生物产业的发展，从而像奥巴马总统提出的精准医疗概念一样提高整个人类社会的健康水平。 最后，杨教授以一句改编的名言结束了为期三天的2015年中国遗传学会大会：“Nothing in biology makes sense except in the light of sequencing”。 English version available here.
Neuroscience Bulletin Neuroscience Bulletin 2015年第4期出版“自噬在神经功能和神经退行性疾病中的作用”专辑 自噬是一种发生在细胞内的“自食”过程，通过捕获和降解易于聚集的蛋白质和受损的细胞器来维持细胞的稳态。 作为神经系统结构和功能的基本单元，神经元的稳态对于神经系统的发育、生长和功能特性的表达具有重要意义。由于大多数高度分化的神经元不能分裂从而无法通过分裂的稀释效应来克服蛋白聚集引发的细胞毒性，因此特别依赖自噬提供的蛋白代谢平衡和“垃圾回收”来行使正常的功能。 因此，自噬对于神经系统功能的实现至关重要。在中国科学院健康科学研究所、大连医科大学乐卫东教授的组织下，Neuroscience Bulletin 2015年第4期（8月1日出版）刊发了以“自噬在神经功能和神经退行性疾病中的作用”为主题的专辑，对上述问题进行了讨论。 神经元自噬失调往往导致神经元死亡和神经退行性病变。来自英国剑桥大学的Rubinsztein教授对自噬性细胞死亡的一些关键性通路进行了分析；杭州师范大学的杨怡博士讨论了自噬在突触发育和功能等方面的作用，以及自噬相关的突触功能障碍。 此外，本专辑具体讨论了自噬失调在一些神经疾病和心理障碍中的角色，包括缺血性脑损伤（浙江大学陈忠教授）、多发性硬化症（乐卫东教授）、运动神经元疾病（同济大学医学院徐俊教授）、肌萎缩性侧索硬化（乐卫东教授）、中风（上海复旦大学余波教授）和抑郁症（乐卫东教授）。 鉴于自噬活性的异常与众多神经疾病之间的“亲密关系”，了解自噬的调控机制也必然会成为治疗这些疾病的突破口。本专辑中，苏州大学的王光辉教授及其团队研究了CHIP（热休克蛋白70羧基末端相互作用蛋白）对自噬通量的调节作用；北京大学的崔德华教授则研究了麻醉剂异氟醚以作用时间依赖的方式对自噬的调节。 此外，本专辑还分别讨论了分子伴侣介导的自噬（CMA）与神经保护（第四军医大学杨倩教授）和神经退行性病变（美国埃默里大学医学院毛子旭教授）之间的关系。 最后，北京大学的崔德华教授领导的团队还发现，在APP/PS1转基因小鼠中，自噬参与了rAAV/Aβ疫苗诱导的对Aβ的清除作用。 编者希望这一期专辑能帮助研究者更深入地了解自噬这一细胞中的“清道夫”，为早日揭开其分子机制并攻克与其相关的神经疾病的治疗难题打下基础。 欲了解本期专辑详细内容，欢迎访问期刊网站，下载阅读热点文章！ （Neuroscience Bulletin编辑部供稿）
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