在出版界，开放获取（Open Access, 简称OA）已经不再是一个新鲜的词儿了。今年是BioMed Central成立第15年，虽然我们一直是开放获取出版的先驱，在科学出版方面也有着较广泛的覆盖，但人们对开放获取出版仍有一些误解，亟待解决。 鼓舞人心的是，上周，一项由自然出版集团和麦克米伦出版社开展的调查显示，这些对开放获取出版的误解在渐渐减少，对其信心却在增加。在2014年，40%的科学家们在过去的三年内不选择开放获取出版发表文章恰恰是因为“我对OA出版质量的担忧”。但是今年，这个比例下降到27%。 一则新闻公布了最终调查结果，自然出版集团和麦克米伦出版社Insights部门的主管Dan Penny表示：“随着越来越多信誉度高、有资助授权、质量高的开放获取出版文章的发表，人们对OA出版模式的态度也在发生相应的改变。仅仅在去年，这一态度就有显著的改观。” 自BioMed Central成为第一家开放获取出版社以来，OA出版市场就有很大的改变。作者在OA出版方面有了更多的选择，除了众多高质量的纯OA期刊，如Biotechnology for Biofuels, Molecular Neurodegeneration, 和 Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance等，越来越多的传统型期刊也开始提供开放获取出版模式，供作者选择。 信心增长是肯定的，但调查显示仍有5%的参与者并不熟悉开放获取出版。另外一些不选择开放获取出版的原因包括不愿意或不能支付文章处理费（Article-processing charge, APC）以及没有找到适合文章发表的OA期刊。 不过说到OA出版的质量问题，这倒一直是BioMed Central关注的重点。BioMed Central学术诚信部门高级编辑Elizabeth Moylan说道，我们之所以建立学术诚信部门就是在给科研人员信心，让他们放心BioMed Central出版研究的质量。 “我们部门的任务是和期刊编辑一起，维持同行评审的质量并保证所有期刊的政策得到正确执行，并且保证任何问题都可以根据相关指导意见（例如COPE）来解决。这个调查报告最激动人心的部分是表明我们以及其他出版社一直致力于保证OA出版质量的所有努力都没有白费。” 我们很欣喜的看到人们对开放获取出版质量的信心增加，让我们一起期待这一趋势延续下去。 点击这里，阅读英文原文。
蜂胶是蜜蜂从植物芽孢或树干上采集的树脂，将其混入其上腭腺分泌物和蜂蜡加工而成的一种具有芳香气味的胶状物质。蜂胶是蜂巢的主要产品之一，用于保护蜂巢的蜂产品如蜂蜜、花粉、蜂王浆不发生变质，以及维持整个蜂群的群体健康。由于蜜蜂对蜂胶的采集量十分少，全世界每年的蜂胶产量只有黄金产量的1/8，因此被誉为紫色黄金。 蜂胶的成分与地理位置、植物来源和蜂种等因素有关，极为复杂，已经确定的成分包含300多种黄酮、萜烯和酚酸类物质。除此之外，还含有丰富的氨基酸、维生素以及多种人体必需的微量元素等。蜂胶所含有的丰富而独特的生物活性物质，使其具有防腐、抗菌、抗病毒、抗真菌、抗氧化、消炎、止血、解痉、抗肿瘤和免疫调节等多种功能，对人类有着广泛的医疗和保健作用。 由于蜂胶能快速止血，促进组织再生，增强皮肤细胞的增殖、活化和生长能力，加速伤口愈合，因此可用作烧伤及其他创伤的治疗。蜂胶作为天然产物，无毒，人体对蜂胶耐受性好，极少出现过敏，使得人们对蜂胶的创伤治疗潜力越来越感兴趣。期刊Burns & Trauma发表综述文章，介绍蜂胶及其化合物的生物活性，以及它们在促进伤口愈合等领域的研究进展。 点击这里，阅读论文原文
BioMed Central 出版人 李娴 我2011年作为BioMed Central在中国的第一位出版雇员加入公司的时候，只有另外两位负责市场推广和销售的同事。那时我根本想不到仅仅四年之后，我们在北京和上海会扩大为14人的出版和商务团队。 这一员工数量的增长与我们所看到的中国市场的增长潜力相一致。目前中国是BioMed Central投稿量第一的国家，并且每年稳定增长。如果从Web of Science的数据来看，在中国作者出版的所有英文文章（原创研究和述评）中，开放获取的比重从2011年的9.3%增长到2014年的14.4%。 很多的推动力带来了这一增长，政府的基金支持无疑是最重要的一环。中国政府大力投资于科研，期望带来更多的研究产出和国际影响力。在中国几乎所有的基金提供机构都能够通过科研经费来替作者负担出版费用，这也包括了开放获取的文章处理费。生命科学和医学是开放获取发展最快的领域，但是物理、工程和材料科学在这一领域的增长也很快速。像中国科学院这样一些著名的研究机构加入BioMed Central的会员计划，借此向在BioMed Central期刊上发表文章的隶属于科学院的研究人员提供财政支持。 中国的开放获取在2014年5月的全球研究理事会会议上迎来里程碑式的发展。中国科学院和国家自然科学基金委宣布了第一个全国性的强制开放获取政策，这一政策要求他们资助的研究人员在文章发表后的12个月内必须让自己的文章免费获取。国家自然科学基金委还于今年5月建成了自己的研究知识库。 在BioMed Central的工作也让我深切感受到来自科研群体对开放获取态度的变化。我的工作很重要的一部分是与中国的研究机构或者学会合作出版开放获取期刊。起初我需要花费很多时间向人们解释开放获取的质量，说明什么是连续出版，为什么我们要把文章版权归还作者以及与开放获取出版相关的其它概念。 随着越来越多的期刊，比如今年获得第一个影响因子的Journal of Animal Science and Biotechnology 和 Infectious Diseases of Poverty，快速取得一定成绩之后，开放获取出版模式也得到更多人的认可。我收到更多来自订阅期刊的编辑的询问，希望转为开放获取模式或者开创一份新的开放获取期刊。 中国的英文期刊需要获得国际能见度和影响力。开放获取正是这一需求的一剂良方，因为它能覆盖比一份传统订阅期刊大很多的研究人员群体。但是对于个体研究人员而言，开放获取并非他们在选择期刊出版时的首要因素。他们的主要考虑因素还是在于期刊的声望，影响因子，出版速度等等。对于运营许多期刊的出版商来讲，工作的重点还是在于提升期刊质量并且为作者提供优质的服务。 我很难预测开放获取最终在中国会发展到什么程度，但毫无疑问，中国乃至全球的研究群体会受益于此。身在其间，并且能够与我们所服务的中国科研群体携手创造历史，让我倍觉自豪。 English version available here
第三届BMC 生态学美图大奖赛结果公布！ 生态学之美在于让我们更加了解赖以生存的家园。生态学家们以独特的视角观察世界，美图大赛的意义就在于让他们把日常工作中的美丽和我们这些“门外汉”分享。 这场美图竞赛中完美的诠释了艺术与科学的结合。从广袤的沙漠，到很有爱的狒狒，所有展现生态交互作用的精彩瞬间都被捕捉到。 动动手指，看看这个精彩的自然界吧↓ 点击这里，阅读原文
黎孟枫教授是BMC Medicine的编委会成员。他一边开展实验，一边教学，并负责中山大学医学教育发展的全面督导。在此，他不仅告诉我们关于培训青年科研人员的工作，还谈了谈他对 在高质量期刊上发表文章的看法。 请你和我们分享下你培训青年科研人员的工作，都包含些什么？目标又如何？ 培养我所在院系、甚至别的院系的青年科研人员从一名初级研究者到高级研究员通常需要做以下几件事情：首先，我与他们一同分析和讨论他们的研究，并和已发表在文献里的实验现状对比。其次，我为他们提供一些写作的机会，让他们在我的文章中尝试着去写。最后，在我参与编辑的一些期刊中，我让他们根据自己的资质去做同行评审。 那么，你有没有收到相关学生对此的反馈？ 我的实验室和与我有合作关系的实验室里共有50名学生。我指导他们并与他们一起做研究，但是我并没有为获得反馈而设一个专门的项目。时不时有学生告诉我他们非常喜欢做同行评审，以及拿着自己的实验去和已发表的实验做对比和辩证讨论。 他们也多次表示有意愿参加培训课程，像由期刊出版社提供的作者培训，包括那些经常发表或审稿的非常有经验的科学家的讲座。这些都让同学们学习更多技能，比如，提高他们的写作能力和期刊编辑能力，更加懂得同行评审流程，以及提高他们辩证阅读的能力。 在你看来，要想完成高质量的研究最重要的步骤是什么？同样，要想发表在优质期刊里，又需要做哪些呢？ 首先我认为，研究的科学性或临床意义以及提出问题的新意是重中之重。所以，所有的科研人员，无论是初级还是高级，都需要学会选择一个最优问题去研究。 其次，毋庸置疑，教育问题。我们是否在实验室里被训练完成良好的实验设计和以合适的方式进行实验，包括实验技能等等。 最后，当你有了研究问题，也设计了研究并进行了实验，收集了数据直到写作环节。值得注意的是，当你写这个论文的时候一定要主旨明确。 在写一篇论文的时候一定要选取一个合适的切入点，因为一组数据可以用很多种方式去写。你需要去分析你的“卖点”在哪，这毫无疑问需要丰富的经验。同时，我认为对所投期刊的了解也是非常重要的。 在你看来，当你去决定投某本期刊时，哪些方面可以反映出该刊的质量？ 中山大学副校长：黎孟枫教授 回答这个问题的一个比较普遍的方式是，对指定研究的最合适期刊是什么？通常，于我而言，一本好期刊具备以下三点； 第一点是期刊声誉，特别是在特定领域的科学家圈子中。当我还是个博士后时，我就会定向找一些期刊，在这些期刊中发表文章的作者同时也经常在其他顶级期刊中发表文章。 其次，我会很仔细的阅读选定期刊并对该刊出版的文章质量有一个大致的了解。 最后，就是你怎样也回避不了的影响因子啦。但是我想强调下影响因子绝对不是第一重要，当然也不是我们决定选择哪本期刊发表文章的唯一衡量标准。 对我来说，在选择一本期刊前，我会去思考我的论文读者群是谁。例如我的一些稿件我希望生物科学领域的人去阅读，还有一些希望医学或临床研究的人去读，那么知道读者群就会帮助我们选取合适期刊。 同行评审是确保期刊出版合理研究的重要步骤。你觉得鼓励青年科研人员参与到同行评审中有多重要，为什么呢？ 我认为这个真的非常非常重要。没有人能不经过同行评审而一跃成为有经验的成功学者。对于年轻的科研人员来说，这是在他们成为资深科学家之路上必须习得的经验。 同行评审告诉年轻科研人员什么是好论文以及去识别什么让一篇论文成为优质文章。 同行评审也使年轻科学家对普遍和非普遍的论文瑕疵变得敏感。因为当他们审查别人的稿件时，如果实验或者写作里出现问题，那么当他们自己写论文的时候这些错误就会得以避免。 另外一个同行评审对年轻科学家有重要意义的点是，这是一个锻炼写作的好机会。因为你不得不去仔细检视别人的工作并给出意见。这也让年轻科学家理解编辑修改流程。 最后，你既有中国的工作背景，也有美国的工作经历。就两国的科研文化而言，在你眼里有什么区别？例如，美国的研究员能从中国的研究员这里学到些什么么？反之，亦然。 两国的研究文化差异还是蛮大的。 首先，我觉得中国研究员可以从美国研究员那里学习到的是对科学和研究目标的激情。你可以在美国研究员身上看到他们追求科研事业的热情流露，而且好奇心驱使着更多美国年轻人从事科研工作，这一数字在中国相对较少。 两国的科研文化差异也与教育系统不同有关。我觉得在中国更多人在迈入学术界之前并没有机会去思考，或者做其他尝试。对于中国的研究员来说，这点需要额外注意。 第二个问题是，中国的科研人员需要注重学习怎样选择重要问题去研究，去投入宝贵的时间、精力和智力。你可以看到美国就比较侧重这方面的训练，相比，中国则更强调快速收集数据并大量发表文章。 另外，对于中国科研人员来说，积极并拓宽阅读范围也很有必要。这是我通过观察中国年轻科研工作者圈子发现的问题。 有一件事情可以从中国年轻学者中学习，就是即便在不同的实验室、机构，他们都积极沟通、互动。通过这些沟通，他们建立了科研方法和技术的互通有无渠道。 当我在美国匹兹堡肿瘤研究所读博士后时，我们和其他实验室交流的并不多，但是在中国这就比较普遍。年轻科研人员需要互通有无，在技术和科学上互相帮助，这样可以相互学习。 English version available here
在中国，患肺癌的病例一直在增加，原因何在？我们采访了肺癌领域最新系列文章的编辑Li Yan和Wei Zhang，以了解肺癌这种疾病、并探讨肺癌病例在中国迅速增长的原因、以及为了防止肺癌蔓延我们正在做的努力。 图片来自iStock 肺癌的问题有多严重？ 在全球范围内，肺癌是最常见也是最致命的恶性肿瘤。据估计，每年有180万的肺癌新增确诊病例。肺癌的死亡率很高，占所有因癌症导致死亡病例的20%。 换言之，每5个死于癌症的病人中，就有1人死于肺癌。每年肺癌会夺走大约160万患者的生命。鉴于其高发病率和死亡率，肺癌也带来很沉重的经济负担。 根据美国艾美仕医疗保健信息研究所(IMS Institute for Healthcare Informatics) 5月发布的全球肿瘤学趋势报告，2014年全球在癌症药物的支出增长了10.3%，达到了1千亿美元。 因此，肺癌是一种非常普遍、极其致命且非常昂贵的疾病，这意味着医疗需求远远未得到满足，并且也带来严重的社会和经济负担。 在中国肺癌病例一直在上升，能和我们详细谈谈这个问题么？ 据世界卫生组织公布的2014年全球癌症报告，占世界总人口约20%的中国，其肺癌死亡人数目前占全球的三分之一。众多因素导致了肺癌病例在中国的急剧增长，其中就包括空气污染和大量吸烟人口的存在。 以北京为例，这个城市以雾霾“闻名”。2002年，每10万北京男性居民中，就有49人患有肺癌。到2010年，这个数字增长了50%多，达到75人。中国女性的吸烟人数较少，因此肺癌病例也相对较低。但在过去十年，居住在北京的女性人口中，患肺癌的人数也显示出类似的急剧上升。2002年到2012年间，每10万北京女性居民中，患肺癌的人数从30人增长到46人，增长率超过50%。 全国肿瘤防治中心北京办公室认为，急剧上升的肺癌数量可能与首都日益严重的空气污染相关。与此同时，那些与空气污染有关的肺腺癌病例比例也在逐年增加。 目前对于肺癌的治疗方法效果如何？为什么要研究新的治疗方法？ 在过去三十年中，肺癌的治疗方法已有实质性改善。联合化疗的引进，即所谓的双效疗法，可延长肺癌晚期病患的生命。 通过靶向药物、抗血管生成和表皮生长因子受体抑制剂，可进一步延长生存率。更重要的是，对癌症生物学的认知使得癌症的治疗方法发生变革，个性化医疗方法得以实施。 我们现在可以根据肿瘤的突变对肺癌患者进行分子分类，并将其与特定作用于这些突变的靶向药物进行匹配。但是，根治晚期肺癌的方法仍有待发现。 在对化疗或靶向药物产生初步反应后，患者不可避免的会停止对药物的响应，之后症状可能再现或者癌症复发。免疫疗法，如检查点抑制剂，可能会带来新的肺癌治疗方法， 药物Nivolumab（BMS公司生产的PD-1抗体）的获批就是一个例子。 另外，化学疗法加上Atezolizumab（罗氏公司生产的PD-L1抗体）初步显示出非常积极的效果：该组合对肺癌有近70%的回应率。这意味这种新疗法将有望成为继手术、放疗、化疗及靶向治疗后又一重要的肺癌治疗手段。 本期系列文章强调了早期临床实验的重要性，并呼吁在这方面进行更多的全球协作。如何才能实现这一目标？ 从药物研发的角度来看，早期阶段的试验在科学和医学的角度上都是研发过程中最重要的环节。特别是对癌症药物的开发，早期阶段检测已经超越对药物代谢动力学的安全性、耐受性的定义和理解。 现在，早期阶段的癌症药物试验需要遵循药效学试验，以评估药物是否击中目标，药力多大，时间多长。研究还需要检测生物标志物的应用性，以缩小在后期试验中需要测试的敏感患者数量。 对癌症药物第一阶段的研究现在甚至可以迅速满足注册条件。基于第一阶段试验数据研制而成的药物Pembrolizumab（Merck公司的抗PD1抗体）顺利获批，就是其中一例。。 因此，早期阶段的临床试验现在需要更紧密的全球合作。对于那些目标患者群存在于非传统临床试验地区（比如美国或西欧）的药物研发，最有效的方法就是到相关的国家进行试验。 例如药品Crizotinib的研发，这是一种对间变性淋巴瘤激酶（ALK）进行靶向治疗的抑制剂。第I / II期的研究是在韩国进行的，因为在韩国的肺癌患者中，ALK融合问题的存在率相对较高，这一问题在东亚国家的比例约为3%到5%，而西方国家仅有1.5%。 目前，中国和美国正在进行的药物试验有何不同？ 在中国，癌症药物的早期临床试验尚未成熟。部分原因是中国医药行业性质的演变，从过去的以仿制药行业为主到现在的创新药物研发。 中国的早期药物发展在工业、试验点和监管机构方面仍然存在经验、资质、技能和设施上的缺陷。要对中国的早期临床试验现状进行变革，重点应放在获得相关知识、经验和试验管理技能上。 因此，美中抗癌协会已与行业伙伴和中国临床肿瘤学会合作，共同推动抗癌药物的研发。在众多美国癌症中心的支持下，我们有信心用三年时间在中国建立一个核心团队，其中包括在早期试验实施和管理中有国际经验的医生、护士及其他相关人员。 这个核心团队就会像种子一样，在中国的抗癌机构中传播知识和经验，使国内对癌症早期试验的研究达到国际标准，加快药物的研发并保证患者的安全，早日为中国癌症患者带来新药物。 English version available here
汤森·路透近日公布了最新的期刊影响因子，Infectious Diseases of Poverty获得首个分数。我们采访了该刊主编周晓农，除了聊聊这本刊，还有他对该刊未来的希冀。 图片来源： Flickr Infectious Diseases of Poverty 这本刊是怎样诞生的？它的目标是什么？ 联合国儿童基金会、联合国开发计划署、世界银行和世界卫生组织在2012年4月发表了关于贫穷所致传染病研究的全球报告，这本刊的创办就是对这一报告的响应。 为疾病受害国提供更多发声机会，以及推动更多的跨学科研究是日益增长的两大需求，为回应这一需求，根据贫困所致传染病全球报告所倡导的“同一世界，同一健康”的理念，该刊旨在减轻发展中国家的疾病负担。 该刊欢迎参与传染病研究的所有群体来发表他们的意见、评论、想法和研究发现，这些群体包括科研人员、学术团体、医生、决策者、研究基金会、患者倡导组织和教育机构。 在期刊编委和创始伙伴的共同努力，本刊在2012年10月举办的“第二届卫生体系研究国际研讨会”上正式创刊。 本刊是开放获取的同行评审期刊，出版的话题范围和方法研究是针对与贫困所致疾病相关的公共卫生基本问题。 这涵盖了很多方面，但本刊着重关注健康系统、生态健康、环境管理及技术创新的跨学科或多部门影响。 在您担任主编期间，寄生虫病研究领域发生了怎样的变化？ Infectious Diseases of Poverty 期刊主编：周晓农教授 寄生虫病和被忽视的热带病研究领域的改变在于采用多学科和跨学科方法，以更好地理解传播模式。这些研究结果为国家疾病防控项目提供了更好的指导。 例如，肺结核疾病图谱绘制和建模方法的创新发现就综合了流行病学数据、生态学数据、环境学数据、社会经济数据以及运用了地理信息系统、生态模型等多项分析方法，这些发现有利于对国家疾控项目的资源进行更好的分配。 此外，对被忽视热带病的社区干预研究发现吸引了更多读者利用当地资源，更好的参与到疾控项目中来。 与此同时，大部分的作者来自发展中国家，尤其是传染病在贫困人口中蔓延的非洲国家。那些来自发展中国家的作者可以提供关于贫困所致传染病的相关信息，以此准确发现研究缺口或优先次序。 他们的发现在资源有限的条件下为项目或政策制定者提供了事实依据。例如，社区干预方法已在很多传染性疾病中被不同程度提及。 在该刊中有哪些文章你认为对获得影响因子有所帮助？ 通常来说，范围综述和研究论文都对影响因子的获得有所贡献。 在范围综述里，有一篇文章Research gaps for three main tropical diseases in the People’s Republic of China对影响因子的获得有较高贡献，因为它的研究发现不但为研究缺口提供了信息，而且对国家疾控项目所需产品有所帮助。 在研究论文中，Co-infections with Babesia microti and Plasmodium parasites along the China-Myanmar border 一文为相关人员提供了多角度信息，像探索协同感染（亦或共感染）类型的新方法，表明迁徙人口是怎样导致疾病的跨境传播，提出监管的困难以及对边境区域共感染的回应，最终，表明在研究共感染这种新型协同感染需要做更多努力。… 阅读更多 »
为庆祝BioMed Central中国官方网站的升级上线，Genome Biology编辑团队精选8篇年内出版的中国科研论文，由期刊编辑团队的Dominique Morneau为大家梳理。 随着中国科研产出的持续快速增长，Genome Biology有幸能收到来自中国的优质投稿。我们从中遴选出8篇具有代表性的中国科研论文，详情如下 通过高密度遗传图谱提升棉花基因组 陆地棉（学名：Gossypium hirsutum）和海岛棉（学名：G. barbadense）都是具有四套染色体的四倍体大基因组植物。 由于大基因组很难测序，所以对植物基因组的研究在基因组研究领域中相对落后。寻找序列变异可能会改善作物的育种，但是由于单核苷酸多态性（SNPs），当有多个同源染色体存在时，寻找序列变异就变得很难。 南京农业大学的研究人员通过建立上述两种四倍体棉花的SNPs遗传图谱，发现并定位了500万个SNP，是迄今为止在这两种植物中发现的最大规模序列变异！ 该遗传图谱也适用于更新和改善陆地棉的基因组组装、以及识别难以捉摸的染色体中部。研究人员希望该高精度、高密度的遗传图谱可为棉花育种提供有价值的信息，同时帮助我们理解大基因组与多倍体的基因组结构和物种进化。 家鹅基因组测序 全世界有94%的鹅肉产在中国，所以家鹅在中国的农业和经济中扮演了重要角色。同时，鹅也是研究人体肝代谢的重要模型。 为了确定鹅的这些特性，李进军、王俊以及课题组成员共同完成了鹅的基因组测序和分析。 家鹅（学名：Anser cygnoides）基因组含有超过1.6万基因（人类基因组具有2-2.5万），其中一些与其他陆地鸟类相比具有显著不同，特别是和免疫系统有关的基因。该研究还发现，与其他禽类相比，鹅具有更多种的与脂质生产和代谢相关的关键酶。 确定癌症中基因组干扰的影响 肿瘤总是带有一些基因突变、基因拷贝数变异、以及表观遗传变化。基因突变的来源包括从单核苷酸多态性（SNPs）到序列插入缺失位点（INDELs），表观遗传变化包含了非遗传畸变，这些变化都有可能干扰基因表达。 尽管我们对这些关系有一定了解，但依旧很难预估发生在特定通路上的突变所产生的影响，也就无法通过已有知识来改善癌症的治疗方法。Andrew Teschendorff以及他在中国科学院的同事们在一项研究中创建统计框架，结合了已有的癌症和肿瘤干扰特征以及相对应的药物敏感性数据。 值得一提的是，他们鉴别出一种和临床相关的全新乳腺癌亚型，以及针对其的潜在疗法。研究人员希望这个方法可以用于识别药物疗法，使特定的癌症患者群体从中受益。 基因表达与衰老 无论是在mRNA还是蛋白质水平上，衰老都会引起基因表达的剧烈改变。中国科学院的曾嵘和中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所的Philipp Khaitovich以及团队成员近期测量了不同发育阶段人体和猕猴大脑前额叶皮层的mRNA和蛋白质表达。 他们发现在衰老的过程中，mRNA与蛋白质水平之间的相关性越来越弱。该现象可能是由于mRNA的变化改变了稳定性，或阻止了蛋白质翻译。很多被预测会发生这些改变的基因都和延长寿命、线粒体功能以及阿尔茨海默病有关。 识别环状RNA 30-40年前，人们发现环状RNA存在于所有的生命体中。这些RNA分子形成的共价闭合环使其具有独特属性，大部分属性尚不为人知。但是由于这些RNA分子存在于大量物种之中且可以大量表达，说明其具有非常重要的生理功能。 研究环状RNA的典型方法是转录组测序，该方法在技术上的一大挑战是从RNA中区分出环状RNA。 中国科学院的赵方庆和他的同事最近研发的软件可从转录组数据中准确检测环状RNA，该软件名为CIRI（CircRNA Identifier）。作者有信心通过该方法检测新的环状RNA，方便研究人员判定其真正的生理意义。 基因重组和蜜蜂的行为 蜜蜂（学名：Apis mellifera）和其他膜翅目动物都具有非常高的染色体互换率，高于地球上其他所有动植物！该过程在基因组中非常易变，其中一些区域具有极高的重组率，其余区域却很少有重组发生。 由于雄蜂只有一套染色体（单倍体），而雌蜂有两套（双倍体），在研究性细胞产生过程中发生互换的原因和结果时，蜜蜂成了绝佳载体。 在蜜蜂脑部染色体互换的研究中，巴斯大学的Laurence Hurst和南京大学的杨四海以及团队成员建立了蜜蜂的高密度重组图谱。他们发现工蜂（雌性）脑部高度表达的行为相关基因通常具有很高的互换率，免疫相关基因则不然。这是首次有证据将蜜蜂的基因互换和社会行为相关联。 为转录组组装搭建桥梁 RNA测序是个强大的工具，可以使我们以前所未有的精度和灵敏度窥探基因表达。然而该工具读取的序列片段很短，通常短到很难重建整条RNA转录组。有一些方法可以帮助组装RNA片段，但是大部分在重建转录组时需要基因组作为参照。如果没有基因组可参照时该如何组装呢？ 李国君和黄秀珍以及他们在中国和美国的团队成员最近描述了他们的全新转录组组装工具——Bridger，汲取了大部分当下最热方法的精华，在一个工具中为它们架起桥梁。 他们使用三组真实数据进行测试（人类、狗和老鼠RNA），证实该新工具相比现有其他工具存在诸多优势——速度快、占用内存少，且大大减少了组装转录组时产生的假阳性结果。 ALLMAPS实现高质量de novo基因组组装 从零开始的基因组组装或de novo基因组组装通常包含以下几步：将重叠的序列片段组装成contig，用多个contig建立scaffold，再准确地按顺序和方向将多个scaffold连接成染色体。完成以上步骤通常要使用很多不同类型的基因组图谱。 和de novo基因组组装有关的大部分步骤都有一定的方法来实现，但是将scaffold排序和定向的方法却尚处于研究阶段。唐海宝团队的研究成果ALLMAPS弥补了这一空白。 他们的方法将多种现有图谱进行优化，从而准确地将scaffold排序和定向，同时还可避免图谱的错误。ALLMAPS结合了物理图谱、光学图谱和比较图谱中的数据，提供了实用且全新的工具来进行高质量基因组组装。 展望未来 Genome Biology在2015年发表这么多来自中国作者的高质量研究成果是一件可喜的事情。虽然这一年尚未过完，但毫无疑问无论是2015年还是未来，我们还将继续看到更多精彩文章。本周敬请关注BioMed Central博客，为庆祝BioMed Central中国官网的升级上线，我们将着重强调中国编辑所付出的努力和中国作者的研究成果。 English… 阅读更多 »
怎样写建议 这部分对于同行评审报告来说至关重要，这就是你“亮底牌”的时刻！ 请记住： 任何期刊都不想发表有学术瑕疵研究。 任何期刊都想要发表符合自己的维度和门槛的研究。 拒绝，接受还是修改？ 如果你觉得研究报告是方法学完好的，基本符合期刊的维度并且只需要一点点的修改，那么写写建议就好。同样，如果你发现了方法论上有很大瑕疵，除非重新做整个研究，不然就大大方方的拒稿。 然而，对于一篇投稿来说很难符合期刊各个方面的要求。你经常不得不在“拒稿”还是“需要更多修改”其中做出选择，而这真的很难。 如果这时候你问问自己，我最担心的是什么？我的担心是不是可以被解决？这么想可能会有所帮助。 例如：这个研究基本完整么？是不是需要额外的信息，重组，或者厘清？ 如果YES，你可以给出修改意见。 这个研究是否一定程度上有所局限？比如实验方法正确但是太窄，仅仅是针对特定人群，不能像大多数作者那样下结论？这些都可以通过重新写结论或者突出一下局限性来解决的嘛？ 如果YES，你可以建议修改，但是请让编辑知道你并不能保证修改后的投稿就一定会符合期刊的要求。 额外实验的小贴士： 通常情况下，作者有2-4周的时间去修改投稿。所以，如果你认为需要进行进一步实验，则要考虑下作者是否能在规定的时间里如期完成。如果你认为不能，那么解释给编辑，问题出在哪儿？都需要做什么？你认为需要多长时间？编辑这时可以自行决定是拒稿或者给作者更多的时间去修改。 怎样再次评审 如果你建议大面积修改，很可能你将被要求再看一遍投稿去评判作者是否充分改好。作者针对你的report会写一个逐条的回复。他们也可能会辩驳你提出的一些看法。 关注你的初步建议被处理的怎么样，无论是改变或者有洞悉的回答。 不要刻意去反驳你的concerns. 考虑下他们是否有效。你是不是有误解？作者的解释是否消除了疑虑的需要。 不要刻意提出新观点。这对作者来说是不公平的，同时也反映出在初审的时候看的不够透彻。如果你觉得在初审的时候你确实漏掉了一些你认为需要处理的点，那么就提出来，但是承认在初审的时候有所遗漏。 不要再要求更进一步的实验。在这一阶段的同行评审中再要求实验是不公平的。这个必须是在之前的阶段提出来。 怎样提出伦理和疑似学术不端的疑虑？ 确保你熟悉所在领域的研究和报告标准。期刊的政策应该有你需要知道的对于期望作者遵守的标准的全部信息。 在公开的评审报告中提出你的疑虑是比较合适的。例如，如果在投稿的时候没有提及伦理委员会的同意，而你又认为恰恰需要伦理批准，你可以在主报告中向作者明确。 然而，你也有可能认为或者怀疑像抄袭或者未宣布冲突利益的可以构成学术不端的行为。如果你怀疑，就一定要提出疑虑并密送至编辑。 尽可能具体并且提供你所能提供的证据，这样编辑可以跟进。出版伦理委员会针对期刊编辑和出版社怎样处理学术不端行为给出了一些标准的步骤。请点击页面左下角的阅读全文。 您对这一系列的博文还满意吗？任何意见或者建议请写邮件至blogging@biomedcentral.com, 期待您帮助我们改进。 点击此处，阅读原文。
对于科技论文出版来说，选对一本期刊投稿就已经是成功的一半了，可见选择期刊的重要性。为了方便广大作者在最快时间内找到适合自己研究工作的期刊，小编为大家整理了BioMed Central旗下部分学科领域内的期刊最新影响因子。 普通生物学 期刊名称 影响因子 BMC Biology 7.98 Biology Direct 4.66 Cell & Bioscience 3.63 Journal of Biomedical Science 2.76 Biological Research 1.48 微生物学 期刊名称 影响因子 Retrovirology 4.18 Parasites & Vectors 3.43 Malaria Journal 3.11 BMC Microbiology 2.73 Gut Pathogens 2.28 Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 2.19 Virology Journal 2.18 免疫学 期刊名称 影响因子 Journal… 阅读更多 »
Menu
