张蘅团队揭示染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能

在植物中，RNA介导的DNA甲基化（RdDM）是一种重要的建立全新DNA甲基化式样和转录基因沉默的机制，通过小干扰RNA（siRNA）与支架RNA（scaffold RNA）的碱基配对引导DNA甲基转移酶到特定的位点进行全新DNA甲基化。RNA介导的DNA甲基化在外源基因沉默、维持基因组稳定性、生殖细胞DNA甲基化模式建立等生物学过程中起重要作用，解析其分子机理对于实现特定基因的转录沉默或激活具有重要意义。2017年5月，国际知名学术期刊Genome Biology在线发表了中国科学院上海植物逆境生物学研究中心张蘅研究员所在课题组The developmental regulator PKL is required tomaintain correct DNA methylation patterns at RNA-directed DNA methylation loci的研究论文。杨荣博士是该文章的第一作者。 在本论文中，张蘅团队通过正向遗传筛选发现了两个新的参与转基因沉默的突变体。图位克隆发现这两个突变体是由于一个重要的发育调控基因PICKLE（PKL）功能缺失造成的。通过全基因组甲基化分析，他们发现PKL可以影响大约一半RdDM位点的正常DNA甲基化，其中上升和下降的位点大致相当。在RNA介导的DNA甲基化过程中，DNA甲基化的位点特异性主要由两类非编码RNA界定：小干扰RNA（siRNA）和支架RNA（scaffold RNA），分别由植物特有的RNA聚合酶Pol IV和PolV参与生成。因此研究人员也分析了全基因组的小干扰RNA和特定位点的支架RNA水平。他们发现在pkl突变体中，部分位点的DNA甲基化水平的变化伴随着相同趋势的小干扰RNA水平和支架RNA水平的变化。同时PKL还促进多个受Pol V调节的核小体的定位，说明与Pol V相关的功能可能受到了影响。 通过分析mRNA转录组与全基因组DNA甲基化的相关性，研究人员发现在pkl突变体中，虽然一定数量的转座子和基因的转录产物上升伴随着DNA甲基化的下降，大部分位点的DNA甲基化变化不足以释放转录沉默。因此研究人员设想，在RdDM的靶位点区域，PKL能够通过其核小体重塑活性改变染色质环境，从而影响非编码RNA的产生和转录沉默。此论文揭示了CHD家族蛋白PKL在RNA介导的DNA甲基化过程中的作用并提示RNA聚合酶Pol IV/V可以使用与PolII相同的染色体重塑因子进行转录调控。

BioMed Central与SpringerOpen签署《旧金山研究评价宣言》

1999年，BioMed Central开始将高质量研究向所有人开放，供大家获取和使用。通过推进开放获取可持续发展，我们已经改变了学术出版领域格局。我们在其中所扮演角色的一个核心部分一直在于，将我们发表的研究传播到超出原始受众的更广大范围。我们希望作者的研究能够得到尽可能广泛的阅读、引用和谈论；正因如此，我们对学术界衡量研究影响力的方式十分关注。 传统上，影响因子（Impact Factor, IF）是衡量期刊质量的一种最广泛使用的方法。IF在1975年即已投入使用，历史远比BMC悠久。某一期刊前两年发表的可引用文章数量除以该期刊同期获得的引用次数，即为该期刊的IF。IF的吸引力在于其简单性；许多人认为，数字越高，“期刊越好”。 如果使用得当，期刊IF不会存在问题。许多学者都认为IF是一种非常实用的工具，特别是当面对数千种期刊来决定到底要向哪本期刊投稿时，情况尤为如此。 然而，当使用不当或者过度热衷于使用IF时，问题就会出现。对学术简历的判断往往不恰当地建立在影响因子基础之上，而不是基于所发表研究本身的质量。在具有合适的影响因子的刊物上进行发表能够对经费申请、职位申请以及甚至在一些地区对金钱奖励产生积极影响。毫不奇怪，93%的科学家在最近一项调查中告诉我们，当决定将会向哪本期刊投稿时，IF是个十分重要的因素（尽管只是来自坊间对话，我相信其中许多人感到矛盾）；原因在于这在学术界的文化和结构中均有反映。有人认为，甚至影响因子这个名称本身就会造成设定不切实际预期的问题。 我们为自己的刊物，以及它们在《期刊引用报告》中的表现感到骄傲，但从不赞同对IF的过度依赖。单单一项指标不该被作为唯一的终极目标。此外，IF在不同领域之间也有很大差异，因而可能对从事跨学科项目的人士造成麻烦（一般而言，IF在科学领域较高，而在人文、社科等领域较低）。 关于你的文章被同行下载，在社交媒体上得到分享，或者获得政策制定者阅读的可能性，IF都无法给出答案。IF也无法让你的上司了解你的发表履历（而H指数却有可能做到）。IF甚至无法告诉你期刊中有多少篇被引文章可能已遭撤稿。这正是我们在每篇文章的页面中都包含Altmetrics的原因。 但是，我们希望更进一步，并因此签署《旧金山研究评价宣言》（DORA）。 未曾听闻DORA的人士可以了解，宣言彰显了“改进资助机构、学术机构和其他各方对科研产出的评价方式的迫切需要”。签署宣言意味着我们承诺“通过在各种基于期刊的指标背景下提供期刊影响因子，大大降低将该单一指标作为宣传工具的侧重程度”。包括学术机构和出版商在内的数百个其它组织也已签署DORA，因此我们将与众多志同道合者相伴前行。 我们没有选择全面停止宣传IF，也不会从我们的期刊网站中删除IF。我们的作者再三表示需要知道IF，而我们理解并相信作者的选择（毕竟，我们的作者代表着世界上最具智慧的头脑）。 我们也不会立即遵循实施。对我们的300多种期刊一一进行审查需要时间，而我们的网站正在进行一些调整，因此我们将对此随时更新。 但是我们承诺，到2017年底，在我们期刊的介绍方式中，将会减少对影响因子的依赖，并将展示更多的替代指标和数据，令科学家们在选择投稿刊物时能够利用这些信息做出自己的知情决定。  

苍蝇如何在飞行时谈情说爱

情人节是让意中人知道你喜欢她的传统节日，通常伴随着送卡片或玫瑰。但是，如果你是一只苍蝇，你会怎样做呢？今天发表于BMC Biology的研究揭示了此前不为人知的配偶识别系统，其中雌性苍蝇借助来自翅膀的闪光来吸引潜在求偶者。 发送信号 求偶动物依赖于两性交流信号促进与配偶相遇。这些信号存在视觉、嗅觉和听觉方面等的多种形式，不同物种使用特定信号或特定组合。 今天发表于BMC Biology的研究发现了常见丝光绿蝇中此前不为人知的视觉配偶识别系统。通过视频录制翅膀运动，研究人员发现，每次翅膀振动都伴随着单次光线反射。 常见雄性丝光绿蝇似乎能够探测这些闪光的频率，并受到178Hz闪光频率的强烈吸引，这一频率也是自由飞行的年轻雌蝇的特征。 观看者接收 苍蝇的复眼不仅在飞行中，还在配偶识别中起关键作用。 当雌性利用这些翅膀闪光信号“调情”时，雄性如何注意到呢？ 苍蝇是昆虫中具有最先进视觉系统的生物之一。它们能够快速地进行视觉处理，这被认为是支撑它们高超飞行能力的适应性进化。 苍蝇中还存在两性异形，其中雄性拥有更大的眼睛，以帮助捕捉光线的“明亮区域”为特征。这允许雄性更好地检测到雌性苍蝇的翅膀闪光，表明苍蝇的复眼不仅在飞行中，还在配偶识别中起关键作用。 吸引力检测 研究人员以每秒15,000帧在能够显示翅膀闪光的直射光下对腹部有负载苍蝇的翅膀运动进行了记录。然后，他们将50只年轻或年老的雄性苍蝇或者50只年轻或年老的雌性苍蝇放入铁丝网笼中，对自由飞行的苍蝇进行记录。他们发现年轻雌性具有178Hz的翅膀闪光频率，显著低于年轻雄性（212Hz）、年老雌性（235Hz）或年老雄性（265Hz）。 为了测试这些闪光是否有助于配偶识别，以及雄性苍蝇是否被年轻雌性的可见翅膀闪光所吸引，研究人员将两只翅膀固定的雌性活蝇放置于铝制T条上，并用LED对其进行照射。其中一个LED以自由飞行中雌蝇的闪光频率发射光线，而另一个LED发出持续光线。当将这两只雌蝇放入含有50只雄蝇的笼中时，雄蝇明显更多地飞向具有闪光的雌蝇。 以178Hz闪光的球体明显比其他任何频率受到来自雄蝇更多的飞落响应。 然后重复此实验，但是用闪光LED照射雄性活蝇以消除雌性苍蝇的表型效应。雄性苍蝇仍然飞向暴露于闪光中的苍蝇。 研究人员还用含有LED的球体代替雌性苍蝇进行实验。这可将闪光效应作为测试变量进行隔离。以178Hz闪光的球体明显比其他任何频率受到来自雄蝇更多的飞落响应。 爱人的阳光 研究期间，研究人员发现在漫射光下以及阴天在室外拍摄苍蝇照片时，翅膀上的光反射不明显。此发现与常见丝光绿蝇在阴天的低交配习性相吻合，在阴天太阳的直接光照漫射开来，减少了翅膀的闪光效应。这表明这些苍蝇之间的两性交流与环境条件同步，以使交流信号最优化。 这项研究的发现证明了常见丝光绿蝇此前不为人知的视觉配偶识别系统，意味着苍蝇发达的视觉系统对灵活飞行以及配偶识别均提供了支持。此类配偶识别也很有可能发生在其他昆虫身上，为优化捕捉有害昆虫的诱捕灯等潜在应用铺平了道路。 但是目前，下一次你见到苍蝇在阳光中飞来飞去时，在去拿苍蝇拍之前，发发慈悲，它们有可能只是在寻找爱人。  

雌性鸟类也可以貌美如花—这取决于它们的栖息地

雄性壮丽细尾鹩莺（Malurus cyaneus） 从很小时候起，我们就在生物课堂上学到，自然界中雄性动物很漂亮，而雌性动物很单调。这些性别差异很容易观察到，雄性孔雀华丽的尾羽和狮子的鬃毛都是一些最有名的例子。 多年以来，科学家认为这样的性别间差异可能是性选择的结果。这意味着雄性和雌性之间不同的特征（例如精致的羽毛或鬃毛）是雌性更喜欢此特征的结果。但是如果它们并非如此呢？如果雄性和雌性之间的差异是由其他事物引起的呢？并且如果雌性也很漂亮呢？ 我们的研究主题 澳大利亚因为拥有致命和奇异的动物而闻名，但其也拥有非常特殊的鸟类家族—细尾鹩莺。这些来自细尾鹩莺科（Maluridae）的小鸟群体（约14种）由于其高度的性别形态差异而闻名，也因为它们具有非常鲜艳的反射紫外光的羽毛色彩（参见上图）。 细尾鹩莺中雄性的羽毛可能是性选择的结果（例如，雌性更喜欢亮丽的雄性）。有趣的是，雌性细尾鹩莺间羽毛也存在很大变化。来自一些种类的雌性是棕色并且非常暗淡的（如下图中），而一些雌性具有蓝色和鲜艳的色彩，正如雄性一样。在我们目前的研究中，我们想要了解这是为什么。 雌性壮丽细尾鹩莺正在鸣叫 我们发现了什么 我们前往澳大利亚各地不同的博物馆并使用博物馆标本，以便使用标准技术量化颜色。我们测量了许多个体和不同细尾鹩莺种类间的颜色，并研究了它们的地理分布。使用这些信息我们能够发现，居住于开放栖息环境如草原上的雌性物种更可能具有暗淡的色彩。另一方面，居住在封闭栖息环境如森林中的雌性物种倾向于具有更鲜艳和更多彩的羽毛，如同雄性的羽毛一样。 这意味着什么？ 我们的研究结果表明，具有隐蔽性（例如暗淡）羽毛的雌性的进化在开放栖息环境中受到欢迎，这可能是因为在这种类型的环境中被捕食风险更高，而暗淡的羽毛更容易伪装。 这些结果改变了我们对雄性和雌性之间羽毛差异的看法。结果告诉我们细尾鹩莺中羽毛的性别差异不仅仅是由性偏好驱动。栖息地和自然选择也可能驱使着雌性羽毛的进化，导致雄性和雌性之间的差异。这意味着雌鸟也可像雄鸟一样漂亮，这取决于它们生活的地方。

科学乃静心剂兼指明灯

在贬低客观事实的“后真相”世界里，科学家的绝望是可以理解的。在本篇特约博客中，Mobile DNA主编Marlene Belfort呼吁科学界成为追求真相的中流砥柱，并传达出希望的讯息，即使前路坎坷，科学也终将取得胜利。 大多数科学家都沉迷于追求真理。想象一下，我们对气候怀疑论的绝望，或者对作为美国能源部长的著名物理学家被呼吁撤销该机构的个人所取代的绝望。想想看我们在了解到牛津字典2016年度词汇是“后真相”时的心灰意冷，该词汇意味着客观事实甚至没有个人信仰或政治议程重要。英国脱欧公投和美国总统选举令后真相这一词汇广为普及。这些选举事件令科学家们失去信心，因为他们的通货，真相，正在贬值。然而，正是科学家们不断发现的事实将扮演救援角色，因为虽然“替代的真相”持续变幻，现实真理却永恒存在且毋庸置疑。这些真相正是我们未来的基石。 虽然“替代的真相”持续变幻，现实真理却永恒存在且毋庸置疑。 作为一名科学家、微生物遗传学家和生物化学家，我时常因工作相关的挫折而感到消沉和沮丧，而现在在这个后真相时代我也有如此感觉。但是最终我的科学研究总会取得胜利。虽然文章被拒，基金资助申请未获批准，科学管理人员毫无同情令我情绪崩溃，但失落、悲伤和挫败都是暂时的。我埋头研究，获得宽慰。这一举措不仅令人全神贯注、身心宁静，也让我从科学发现以及从这些发现背后凸显出来的真相中获得力量。 科学界同样需要如此倚重研究。我们需要从个人乃至全世界角度出发成为科学的中流砥柱、探索事实的中坚力量，为科学添砖加瓦，从而引领我们前行，摆脱后真相的噩梦。获得的结果又将是更冷静的见解、更深入的现实、更坚实的事实基础，以此点亮未来的道路。尽管资助大环境十分紧张，但仍存一线希望，将有可用资源支持研究。幸运的是，美国国会通过且前总统于2016年12月签署的“21世纪治愈法案”将向NIH捐赠48亿美元，用于癌症、精准医学和大脑科研活动。国会将需要每年批准资助，我们只能希望这将有助于研究。另一则好消息是，英国自2020年起将每年发放20亿英镑（约合25亿美元）用于研发。我们必须努力前行并把绝望转化为行动。 国会将需要每年批准资助，我们只能希望这将有助于研究 但是我们必须注意到存在的重大障碍。我们的行业对新政府而言存在感很低，甚至毫无存在感。例如，当主要内阁成员已定时，尚无一位首席科学顾问入主白宫科学技术办公室。考虑到科学否认的总体氛围，尤其是在气候变化方面，我们也可预料到这一点。EPA的新负责人是一位科学怀疑论者，他过去曾请求EFA废除减少导致全球变暖的温室气体排放的法规。孤苦伶仃的科学家们以及我们这个星球的爱好者们必须调动起来迎战这一新现实。 由于在国际舞台上存在不安分的分歧流派，情况变得更为糟糕。在与会的195个国家的代表就减少温室气体排放达成协议时，也存在从“2016年巴黎气候协议”中退出的不安分声音。其它194个国家将如何看待这个地球上最强大且身为气候变化最大来源之一的国家？为了推波助澜，关于全球变暖的科学共识被描述为捏造用于削弱美国经济竞争力的中国骗局。当然，中国反驳了这些荒谬的指控。从积极方面来讲，加强我们的国际科学合作，从而令我们可以共同努力以实现联合科学发现并将世界打造为一个更美好的星球需要被提上科学议程。 或许最重要的是，除了沉心工作以外，我们还需要以能够被理解的形式向社会大众，尤其是孩子，传播科学信息。我们需要让他们了解科学的价值，是科学为预防和治疗疾病、净化水源和种植粮食，创建美好的经济未来并帮助人类远离愚昧提供了基础。

与BioMed Central一起庆祝中国年！

闻鸡起舞舞新春，BioMed Central中国区全体工作人员祝您在新的一年里百尺竿头，更进一步。2016年，纵观世界生物、医学领域新的研究层出不穷，回看中国科研情况，颇有影响力的研究论文与日俱增。在此，我们为您梳理了过去一年中，发表在BioMed Central旗下期刊的优秀论文，其中包括肿瘤学、公共卫生、神经系统科学、生物科学领域。 肿瘤学方面，我们遴选了BioMed Central旗下5本期刊，Journal of Hematology & Oncology,  Journal of Experimental & Clinical Cancer Research,  BMC Cancer, World Journal of Surgical Oncology, Molecular Cancer, 其中包括对CCR9蛋白在肿瘤靶向治疗中的潜在应用（Qiuping Zhang et al.）、分子靶向治疗在胃癌中的应用前景（Zhen Yang and Nonghua Lu et al.）、以及通过研究MicroRNA-198的低表达来探索其在胃癌治疗中的预后意义（Di Kong et al.）等的精彩研究。 公共卫生方面，有来自期刊Harm Reduction Journal, Antimicrobial Resistance and Infection Control, Tobacco Induced Diseases, Globalization and Health, Substance Abuse Treatment, Prenvention and Policy等的研究与讨论，例如通过制定并实施基于社区的策略能否降低在中国注射毒品的人感染艾滋病病毒的风险（Kai Wang et… 阅读更多 »

利用安慰剂效应改善心脏手术结果

近日发表于BMC Medicine中的一项新研究探究了安慰剂效应以及如何利用其改善心脏手术患者中的长期结果。在本篇博客中，该项研究的作者讨论了他们的发现，并探讨了患者期望如何成为引起安慰剂效应的主要机制。 Meike Shedden-Mora & Winfried Rief 2017年1月10日 在寻找改善心脏手术结果的方法（以及其它一般性医疗干预）的过程中，来自安慰剂研究领域的有趣发现已成为过去几年的焦点。几乎在所有医学领域都显示出安慰剂效应，包括心脏手术等高度侵入性干预治疗。在这个意义上，安慰剂响应代表了促进医学治疗获得成功的最佳研究机制。然而，利用这些效应来改善结果的潜能尚未付诸实践。 冠心病是人类发病、残疾和死亡的主要原因之一 在过去的几十年中，治疗冠心病的手术已获得实质性进展，然而许多患者并未获得外科医生从医学角度预测的益处。改进干预措施可以改善数百万人的健康，因为冠心病是人类发病、残疾和死亡的主要原因之一。虽然从外科医生的角度来看，治疗结果可能经常是有利的；而成功的术后发展常常受到治疗非特异性效应的阻碍。 安慰剂效应广义上被定义为由非特异性治疗成分所引起的主观和生理变化。患者期望是引起安慰剂效应的主要机制。这些效应不仅对于疼痛或抑郁等患者报告的结果具有重要意义，而且还证实对免疫应答、心血管参数、多巴胺释放、EEG和fMRI等生物学参数存在影响。但是可以通过“简单地”优化患者的术前期望来改善冠状动脉旁路移植术（CABG）的结果吗？ 心理心脏试验 在我们具有6个月随访期的前瞻性三组随机临床试验中，安排进行CABG手术的124名患者被随机分配进行术前简短心理干预以优化结果期望（期望组）；或进行侧重情感支持和一般建议而不侧重期望的心理控制干预（支持组）；又或进行标准医疗护理（SMC组）。干预被控制的尽可能简短，以便在心脏手术环境中可实行，包括两个面对面会话和三个简短电话。 期望组旨在帮助患者形成对术后生活有益且现实的结果预期，并通过展示如何应对可能出现的令人不愉快的症状来提高个人控制预期。手册化干预运用心理教育、形象化和制定目标行动计划等认知行为技巧。主要结果是术后6个月的残疾。次要结果包括进一步的临床和免疫学变量。 期望组旨在帮助患者形成对其术后生活有益且现实的结果预期。 手术6个月后，接受期望组干预的患者比接受SMC组干预的患者在健康相关残疾方面表现出明显更大的改善。我们发现相比非特定支持组更有益于期望组的一种趋势。此外，只有期望组报告了术后精神生活质量有所增强且更好地适应工作。 术前干预还导致免疫应答的变化：与SMC组患者的变化相比，两种干预都诱导术后促炎细胞因子（白介素8）浓度的显著增加有所减弱。此外，期望组患者术后6个月白介素6水平最低。两种术前干预的可接受性和满意度都非常高，且没有引起不良反应。 改善主要针对期望组干预的事实为特异性靶向患者期望而非一般支持性治疗关注的重要性提供支持。然而，移情相互作用和支持性治疗关系也被视为有效的安慰剂机制，这在支持组改善中反映出来。 值得注意的是，对于临床常规情况，我们的简短干预是可行的，并且可容易地在心脏手术环境中实施。 增强安慰剂机制是众多医学治疗的潜在手段？ 总之，我们的发现表明，优化患者的术前期望有助于改善CABG后的长期健康。 这具有重要的意义：除了努力推进治疗本身之外，我们还应该关注围绕单纯外科手术的大环境。通过优化大环境，患者可以从同一手术中受益更多。预期等安慰剂机制可以用于改善治疗后结果。如果对于如CABG这样的高度侵入性干预确实如此的话，那么其对于许多其他治疗而言也可能是一种有前景的方法。通过这种方法可以大大改善药物处方、医学治疗和手术。我们认为是时候扩大医疗干预的关注范围了。

贝利河中的恐龙分布

Thomas Cullen和David Evans讨论了他们在BMC Ecology中新近发表的研究，论述在恐龙生态学中长期存在并令人困惑的问题：为什么白垩纪北美洲大体型恐龙生存范围如此有限，和现代与它们对等的哺乳动物形成鲜明对比？ Thomas Cullen和Dr. David C. Evans 2017年1月10日 微遗址和在微遗址中发现的物质 当我们考虑当今陆栖脊椎动物的分布和群落生态学时，我们一般会发现大体型物种（例如鹿、野牛、驯鹿、狼）常常出现在范围广阔的领域。例如，从中美洲到加拿大南部都可以发现白尾鹿。又例如，灰狼历史上广泛分布于从北极极地到亚热带的北美洲、亚洲和欧洲的大多数区域。这些广泛的分布表明了大体型物种对环境差异表现出耐受性。 古生态学记录中一个有趣但令人困惑的模式是：大体型恐龙，至少是白垩纪北美洲的恐龙，似乎并没有遵循分布广泛的趋势。白垩纪，北美洲在大多数时间里被一大片浅海（西部内陆海道（Western Interior Seaway））一分为二，而北美洲西部的恐龙生活在相对狭长的地带上（这片地带有时也被成为劳亚大陆（Laramidia））。 长期以来，对这片相对狭小的陆地上生活着多种多样恐龙的解释是，这些恐龙对环境差异高度敏感（特别是对与海的距离），因此，不同的大体型物种会分享并不重叠的分布区域，尽管有时候发现位置距离不足几百公里。 我们的目标是检验恐龙环境敏感性这一假说。我们希望了解在两个环境不同但时间相当的背景下，恐龙是否表现出存在和丰度上的不同生态学趋势。为了做到这一点，我们需要展示出这两种背景以及该地区随着时间推移而产生环境变化的更广泛大环境下脊椎动物群落结构的总体模式。 我们收集了来自几十个脊椎动物微化石遗址的数据（或简称微遗址）。微遗址是小块脊椎动物化石的集中地，可以代表一个较短时期内的古群落，并且被认为形成于低能量的池塘和河流中，这些池塘和河流作为该区域物质的汇集地。可以计数并比较遗址之间不同群组的相对丰度，进而明确该群落怎样随时间、地理和环境而变化。 我们分析的所有微遗址均收集自阿尔伯塔省（Alberta）白垩纪晚期被命名为贝利河（Belly River）群的地质单元中两个地理上存在区别的取样地区。该单元中的沉积物记录了从海洋到陆地环境的转变，沉积物紧接着主要是陆地组分（主要重建为高地海岸平原，就像现在的内陆路易斯安那州），最后重新转换为更多受到海洋影响（低地海岸平原，类似路易斯安那州南部的密西西比河三角洲）。 由于该地区的沉积历史，正好存在一个时间等效区间，其中一个取样区域记录了低地海岸平原环境，而另一个取样区域记录了高地海岸平原环境。这提供了时间上等同但环境上不同的区间，从而能够检验我们的假说。 我们发现，这些微遗址中保存的古群落脊椎动物的相对丰度随着海平面的波动而变化。最大的变化是鲨鱼/鳐鱼与两栖动物之间丰度的反向变化，前者主要存在于海洋影响的区间，后者主要存在于陆地影响的区间。这并不令人惊讶，结果证实了这些群落对环境变化做出反应，而从我们的分析中可以发现这一点。 下一步骤是分析数据子集，特别是分析在两个取样地区中时间等同但环境不同的区间。我们发现恐龙，尤其是大体型群体，在这个时间等同区间内的相对丰度并没有发生显著变化。事实上，它们在这两种环境中的丰度高度相似。 每个遗址相关分类群丰度的直观表示。a. 贝利河群岩石地层记录中省立恐龙公园（Dinosaur Provincial Park）（蓝色方形）和米尔克河（Milk River）/Manyberries（红色方形）脊椎动物微化石相对丰度聚类的成对布雷柯蒂斯相似性。b. 取样区每个分类群的形成平均比例。分类群、地点鉴别和其他相关信息在图例中说明。 我们的结果表明，恐龙对环境和海平面高度敏感这一长期以来受到公认的观点可能是错误的。但是如何解释大体型恐龙物种白垩纪时期在北美洲的高度多样性呢？北美洲西部的一些偏远区域可能不像我们现在所想那样具有地质上的时间等效性，或者以某种方式受到地域阻隔进而阻止了迁移。 也可能是，尽管恐龙不对环境特别敏感，它们以进食高度限制或偏好食用特定植物等其他方式划分它们的生态位从而允许了这种多样性。或许在此期间，初级生产力足够高，因而竞争较低，不需要严格的生态位划分。 我们的研究解决了恐龙生态学中一个长期存在的问题，尽管研究无法单独提供完整答案。许多恐龙牙齿只能判断至科或亚科，而不到种。因此，虽然我们以主要恐龙群中的趋势为研究重点，仍需进一步工作以找到更多更罕见的恐龙大化石，从而彻底解答驱动恐龙种群分布的原因这一问题。  

十二月份博文摘要：坚果有益健康、伊比利亚猞猁基因组测序、宠物的重要性以及更多

我们如何能够以用数学方式衡量健康行为理论？ William Riley研究是否能够以数学方式表达社会认知理论（SCT）。他介绍了自己发表于Translational Behavioral Medicine中的文章，而这篇文章关于他及其他共同作者开发的一个针对SCT的动态计算模型。 镁缺乏及其多重健康结果 你在饮食中获得了足够的镁吗？上个月发表于BMC Medicine中的一项研究发现，增加饮食中的镁摄入与降低心力衰竭、中风、糖尿病和全因死亡风险相关。这项研究是迄今为止规模最大的同类研究，使用来自九个国家超过一百万人的数据。在这篇博客中，第一作者王福俤博士讨论了这些发现。 吃坚果明智吗？ 另一项发表于BMC Medicine的研究报道，吃更多坚果与较低心血管疾病、全因死亡以及癌症、呼吸道疾病、糖尿病和传染病导致死亡风险相关。在这篇博客中，AgnetaÅkesson和Carolina Donat-Vargas讨论了这项研究以及获得这些结果的大环境。 从利用临床实践中的微生物菌群数据到伊比利亚猞猁 2016年度最佳：Genome Biology精选文章：Genome Biology期刊编辑们列出了过去一年中他们最喜爱的文章，包括那些受到频繁访问、广泛分享、高度称赞以及充分讨论的文章。 宠物在心理健康状况管理中的隐藏角色：对许多人而言，宠物不仅仅是同伴。在这篇博客中，Helen Brooks博士讨论了其发表于BMC Psychiatry的研究，该研究说明宠物在具有心理健康状况人群的支持网络中发挥的重要作用。 兼容并包的至关重要性：BMC系列主题期刊最近进一步阐明了期刊对编辑门槛的要求，明确编辑决策中的关键因素是科学有效性而非潜在影响。在这篇博客中，Diana Marshall讨论了这些问题的含义，以及为什么兼容并包的处理方式尤为重要。 将微生物菌群数据进行调整并应用到临床实践中：BMC Medicine中一篇题为“Clinical insights into the human microbiome”的文章合集探讨了最近关于微生物菌群如何塑造生理反应并影响治疗的令人兴奋的发现。在这篇博客中，该合集的客座编辑Omry Koren和Silvio Pitlik介绍了临床微生物学的历史，以及将微生物菌群数据应用到主流临床实践中的阻碍。   抢占先机：拥抱预印本：Genome Biology主编Louisa Flintoft讨论了期刊与预印本出版模式的紧密联系和历史，并分享消息指出将论文发布到预印本服务器bioRxiv上的作者现能够直接将其论文投稿给Genome Biology。 基因组学和物种保护：伊比利亚猞猁带来的启示：伊比利亚猞猁是一种濒临灭绝的物种，在野外仅存400只。Genome Biology中发表的一项研究报道了首个伊比利亚猞猁基因组注释图谱。在这篇博客中，该研究的作者讨论了种群数量急剧下降后发生的遗传侵蚀，同时也研究了基因组知识和资源如何能够有利于濒危物种保护。 热带医学、济卡病毒病和难民健康：BMC Medicine出席ASTMH 2016年度会议：11月，BMC Medicine出席了在亚特兰大举办的美国热带医学和卫生学会（ASTMH）2016年度会议。本文中，副编辑Anita Marinelli介绍了会议的一些亮点，包括令人兴奋的新发展以及热带医学领域中的重要挑战。

重症监护室中的有益振动

从统计学角度来说，每个人都将在生命某个时刻入院接受治疗。入院的大部分人住在常规病房，并且能够恢复日常生活，但是对于那些进入重症监护室（ICU）的小部分人情况又如何呢？ 他们将很可能无法回答这些问题：日常生活是什么？ICU病房配套如何？此外，他们将没有机会喝咖啡或散步。然而这里的关键问题是这些病人出院后是否具备良好的身体状况以维持日常生活。 如今的重症监护医学令我们能够治疗患有危及生命疾病的患者。不久之前，有意识并且能够活动的患者不适于ICU的日常治疗。人工昏迷、机械通气或体外膜式氧合是不去移动垂危患者的原因。 幸运的是，对在ICU期间就尽早开始活动的认识不断增长，而其重要性也不断增加。出院后更高的生活质量和功能独立并非始于ICU停留后，而是始于ICU停留期间。 为什么他们的生活质量会下降？ 关键点在于一个主要器官：骨骼肌，而大多数人甚至不会将其定义为器官。 公众十分熟悉在肾衰竭之后需要进行透析作为治疗。鲜为人知的是肌肉衰竭及相关残疾，大多数人在出院后第一时间就需要就此寻求帮助。沟通、行动和自我护理被认为是与生俱来的技能，而这些技能在入住ICU后可能会受损。患者将这些基本能力受限视作出院后的主要挫折。 背后机理是什么？ 在ICU停留期间，肌萎缩和肌无力最初出现时没有任何明显的征兆。即使患者处于恢复过程中，炎症过程、制动和其他因素决定了其日后是否能够活动。 我们在临床研究中发现，肌无力和肌肉损失主要发生于重大疾病的早期阶段。康复可以部分改善这种状况，但无法重回罹患重大疾病前的状态，而正是这些状态令患者能够过上独立自主的生活。 存在什么治疗选择？ 这种潜在疾病的治疗是进一步疗法的基础。新近研究应该鼓励每位ICU工作员工争取令患者达到有意识且能够活动的状态，从而令患者可以参与理疗或护士护理并面对认知挑战。 但是，对于那些必须保持在由药物诱导昏迷状态的患者，或者由于临床状况而无法参与主动活动的患者该如何处理？ 被动物理和呼吸疗法优于制动，但不能激活骨骼肌从而防止肌肉损失和肌无力。在近期的临床试验中可以看到，实现活动的最佳方式是一种以具有不同预定活动水平的方法为基础的方案。 全身振动疗法可能是一种可以应用到整体理疗概念中的选项。 什么是全身振动？ 20世纪60年代，宇航员使用全身振动作为抵消太空失重和防止肌肉萎缩的工具。其基本概念是通过在短时间内的高频率肌肉收缩来达到最强的训练结果。 全身振动疗法的概念已经在康复治疗、职业运动、甚至常规健身房锻炼中确立起来。然而，仍缺乏关于ICU环境中振动治疗的可行性研究。 ICU环境中的全身振动可行吗？ 在临床试验中，我们用全身振动疗法治疗ICU患者，以研究其安全性、可行性及其对新陈代谢的影响。振动疗法被认为是通过自主反射来诱发高频率肌肉收缩。 我们的理解是，这些高频率收缩是一种肌肉激活刺激，即使在没有积极参与的患者中，也可以帮助他们保持肌肉质量。 临床试验结果 我们已经表明，可将全身振动安全地用于垂危患者，并且全身振动刺激肌肉新陈代谢。全身振动是一种用来预防肌肉损失和肌无力的治疗选择。最终，我们希望确定在ICU环境中启动全身振动的理想强度和频率以及最佳时间点。那么，我们就可以期待拥有另一种治疗选择，帮助我们的患者在出院后重获更加独立自主的生活。 振动有益健康！